Έντονες  συζητήσεις είχαν ξεκινήσει αυτή την περίοδο για το αν το θείο στοιχείο του Χριστού απορρόφησε το ανθρώπινο. Ενεργούσε δηλαδή στον Χριστό ο Θεός μόνο ή και ο άνθρωπος που ενώθηκε με μυστηριώδη τρόπο με τον Θεό;

Στην Κωνσταντινούπολη μετά τον θάνατο του Σισινίου υπήρχε διαφωνία  σχετικά με τον διάδοχό του. Ο Αυτοκράτορας Θεοδόσιος Β΄ αναζήτησε και βρήκε τον Νεστόριο που ήταν μοναχός και ιερέας στην Αντιόχεια, διακρίνονταν για την ρητορική του ικανότητα, όχι όμως και για την θεολογική του κατάρτιση.

Γεννήθηκε στην Γερμανίκεια της Συρίας και μορφώθηκε στην Αντιόχεια από τον Θεόδωρο Μοψουεστίας. Διακρίνονταν για την αυστηρή ασκητική ζωή του, πράγμα που τον καθιστούσε αγαπητό στον λαό. Χειροτονήθηκε επίσκοπος Κωνσταντινουπόλεως το 428. Στον ενθρονιστήριο λόγο του είπε στον αυτοκράτορα να του δώσει χώρα καθαρή από αιρετικούς και αυτός θα του χαρίσει τον ουρανό, να τον βοηθήσει να εξαφανίσει τους αιρετικούς και αυτός θα τον βοηθήσει να νικήσει του Πέρσες.

Ο Θεοδόσιος εξέδωκε διάταγμα εναντίον των αιρετικών και ο Νεστόριος πήγε να καταστρέψει μια κρυφή εκκλησία των αρειανών. Αυτοί όμως πρόλαβαν και την έκαψαν οι ίδιοι και μαζί με αυτή και γειτονικά σπίτια πράγμα που εξαγρίωσε τους πολίτες της γειτονιάς.

Ανάμεσα στους κληρικούς που συνόδευαν τον Νεστόριο ήταν και ο σύγκελλος Αναστάσιος ο οποίος σε ένα κήρυγμά του είπε ότι κανείς δεν πρέπει να ονομάζει την Μαρία Θεοτόκο, γιατί είναι πλάσμα του Θεού και ο Θεός δεν μπορεί να γεννηθεί από ένα κτίσμα. Καλύτερα είπε ότι πρέπει να ονομάζεται ανθρωποτόκος. Αυτά όλα εξαγρίωσαν κληρικούς και λαϊκούς οι οποίοι ζήτησαν από Νεστόριο να τον καθαιρέσει, όμως ο Νεστόριος όχι μόνο δεν τον καθαίρεσε, αλλά τον υποστήριξε και προσπαθώντας να συμβιβάσει τα πράγμα χρησιμοποίησε τη λέξη χριστοτόκος.

Ο Ευσέβιος κατοπινός επίσκοπος Δορυλαίου, που ήταν τότε λαϊκός, τον διέκοπτε στα κηρύγματά του, έφερνε αντιρρήσεις και τελικά τοιχοκόλλησε στην Αγ. Σοφιά κατηγορία εναντίον του ότι διδάσκει τη διδασκαλία του Παύλου Σαμοσατέως. Μοναχοί και κληρικοί εναντιώθηκαν στον Νεστόριο και εκείνος διέταξε να μαστιγώσουν μερικούς αφού πρώτα τους φυλάκισε.

ΤΙ ΔΙΔΑΣΚΕ: Ο Νεστόριος όπως και άλλοι Αντιοχειανοί δίδασκε ότι υπάρχουν στον Χριστό δύο φύσεις πλήρεις χωρίς σύγχυση, ενωμένες σ’ ένα πρόσωπο, τον Ιησού Χριστό. Το λάθος του όμως ήταν στον τρόπο που δέχονταν αυτή την ένωση. Στην αρχή την παρουσίαζε ως μια απλή ηθική ένωση που προέρχονταν από την ενοίκηση της θεότητας στον άνθρωπο, ο οποίος κατά συνέπεια μετείχε στην αξία και στη δύναμη του Θεού και άξιζε γι’ αυτό ιδιαίτερη λατρεία. Ομολογούμε τον Θεό μέσα στον άνθρωπο, λατρεύουμε τον άνθρωπο  γιατί ενωμένος με τον παντοδύναμο Θεό. Μιλούσε ακόμη και για το ένδυμα που προσέλαβε ο Λόγος. Άρα στην ουσία ξεχώριζε την ανθρώπινη φύση του Χριστού ως ιδιαίτερο πρόσωπο με δική της υπόσταση και εγώ. Η ένωση λοιπόν έγινε ανάμεσε σε δύο προσωπικότητες που υπήρχαν και ήταν χωριστές, σε μία προσωπικότητα αυτή του Χριστού. Αποτέλεσμα ήταν ότι η προσωπικότητα του Χριστού ήταν διαφορετική από αυτή του Λόγου και του ανθρώπου. Η ένωση αυτή έγινε κατ’ ευδοκία και όχι κατά φύση. Έτσι με αυτόν τον τρόπο ο Νεστόριος δεν μπορούσε να αποδώσει στον Θεό Λόγο ενέργειες  του ανθρώπινου προσώπου, ούτε στο ανθρώπινο πρόσωπο ενέργειες του θείου Λόγου. Δεν έλεγε ότι ο Θεός γεννήθηκε από την Παρθένο Μαρία, ότι έπαθε με τη σάρκα και απέθανε, γι’ αυτό ονόμαζε την Παρθένο Μαρία Χριστοτόκο και όχι Θεοτόκο.

Οι πληροφορίες αυτές απ’ αυτά τα γεγονότα έφτασαν στην Αλεξάνδρεια, όπου ο επίσκοπος της πόλεως Κύριλλος ενδιαφέρθηκε ζωηρά. Ο Κύριλλος πίστευε ότι ο Χριστός είναι το δεύτερο πρόσωπο της Αγία Τριάδος και ρωτούσε με εμφαντικότητα: Αν ο Κύριος μας Ιησούς Χριστός είναι Θεός, πως η αγία Παρθένος που τον γέννησε δεν είναι Θεοτόκος;