Ο ισλαμικός νόμος διαχώριζε τους λαούς ανάλογα με τη θρησκεία τους. Οι ορθοδοξοι χριστιανοί, οι Αρμένοι και Εβραίοι, αποτέλεσαν θρησκευτικές κοινότητες αναγνωρισμένες από το κράτος ως νομικά πρόσωπα. Τα προνόμια αυτά τα παραχώρησε στους Ορθόδοξους ο Μεχμέτ Β΄, ο οποίος τα απραχώρησε πρώτα στον πρώτο πατριάρχη μετά την άλωση Γεννάγιο Σχολάριο. Το 1454 ο Γεννάδιος Σχολάριος αιχμάλωτος στην Ανδριανούπολη, μεταφέρθηκε στην Κωνσταντινούπολη όπου και τον εξέλεξαν πατριάρχη. Ο Γεννάδιος μετά τον θάνατο του Μάρκου Ευγενικού έγινε ηγέτης των Ανθενωτικών κι έτσι ο Σουλτάνος δεν είχε φόβο για ενδεχόμενες συνωμοσίες με τους Δυτικούς.
Ο σουλτάνος παραχώρησε στον Γεννάδιο φεράτι, δηλαδή έγγραφο με το οποίο δεν επειτρεπόταν σε κανέναν να τον ενοχλήσει, θα ήταν αναίτητος, αφορολόγητος και αδιάσειστος από οποιονδήποτε. Οι ναοί δεν επιτρέπονταν να μετατραπούν σε τζαμιά, και οι θρησκευτικές τελετές θα τελούνταν ελεύθερα.
Αυτά όμως δεν διατηρήθηκαν για πολύ καιρό. Το αφορολόγητο των κληρικών γρήγορα καταργήθηκε και αντικαταστάθηκε από το πεσκέσι δηλαδή φόρο που πλήρωνε ο πατριάρχης στον σουλτάνο. Ο πρώτο που πλήρωσε πεσκέσι, ήταν ο Διονύσιος Α΄. 2000 χρυσά νομίσματα για ναπάρει τον θρόνο. Έτσι οι Τούρκοι κατάλαβαν ότι είναι συμφέρον γι’ αυτούς να αλλάζουν οι πατριάρχες τακτικά. Ο ίδιος ο Μεχμέτ Β΄κατήργησε λίγο αργότερα το «αδιάσειστιν» κακοποιώντας πατριάρχες. Εκτός από το πεσκέσι επέβαλλάν και το χαράτσι, δηλαδή φόρο που πλήρωνε ο πατριάρχης κάθε χρόνο.
Τον ΙΖ΄ αιώνα οι αλλαξοπατριαρχείες έφτασαν τις 50!
Σύντομα θεσπίστηκε κι άλλος φόρος το «μουκαρέτι» που ήταν φιλοδώρημα πληρωνόμενο κάθε χρόνο. Όλα αυτά τα έξοδα κατ΄ουσίαν τα επιβαρύνονταν ο λαός.
Σύντομα καταργήθηκε και ο νόμος που δεν επέτρεπε στους Τούρκους να μετατρέπουν τους ναούς σε τζαμιά. Ο ναός της Παμμακαρίστου που λειτουργούσε ο πατριάρχης μετατράπηκε το 1586 σε τζαμί. Το 1600 μετά την Παναγία Παραμυθίας και τον ναό του Αγίου Δημητρίου στην Ξυλόπορτα το πατριαρχείο μεταφέρθηκε στο Φανάρι.
Το 1348 την εποχή του Ορχάν συστηματοποίηθηκε το φοβερό έθιμο του Παιδομαζώματος με το οποίο τα χριστιανόπουλα μετατρέπονταν σε φανατικούς μουσουλμάνους.
Ο Σελήμ Α΄χαρακτηρίστηκε μισόχριστος, γιατί το 1519 διέταξε τον βεζύρη να μετατρέψει όλες τις εκκλησίες σε τζαμιά. Αυτή την εποχή προχώρησε ο βίαιος εξισλαμισμός κι έτσι στην Αλβανία ελλατώθηκε τρομακτικά ο χριστιανικός πληθυσμός. Όσοι δεν δέχτηκαν να εξισλαμιστούν θανατώθηκαν. Αυτοί είναι οι χιλιάδες νεομάρυρες που τιμά σήμερα η εκκλησία μας.