Ο πάπας Νικόλαος είχε ισχυρή προσωπικότητα. Με τις αντιλήψεις του συνετέλεσε ώστε να θεωρηθεί ο παπισμός ανώτερος από την εξουσία του αυτοκράτορα.. έλεγε ότι έχει παγκόσμια δικαιοδοσία. Ότι είναι ο υπέρτατος κριτής όλων των παγκόσμιων εκκλησιαστικών ζητημάτων. Ότι οι εκκλησιαστικές αποφάσεις για να είναι έγκυρες θα πρέπει να επικυρώνονται από την αγία έδρα. Σύντομα διαχώρισε την αγία έδρα από την αυτοκρατορία και γι’ αυτό υποστήριξε σθεναρά πως το κράτος δεν πρέπει να επεμβαίνει στα εκκλησιαστικά ζητήματα. Φυσικά δεν επέτρεπε στους αυτοκράτορες να εκλέγουν πάπες. Ατιθέτως ο ίδιος αν χρειαζόταν έπρεπε να παρέμβει στα του κράτους ζητήματα επιβάλλοντας ακόμη και ποινές.
Όμως εκείνη την εποχή ήταν αδύνατο να θεωρηθεί ότι ένας πάπας θα μπορούσε να εκθρονίσει αυτοκράτορα από τον θρόνο του.
Σύντομα ήρθε σε ρήξη με τον Λουδοβίκο Β΄ της Λωρραίνης αντιστεκόμενος στην επιθυμία του βασιλιά ν’ αποκαταστήσει τον εκθρονισμένο και αφορισμένο αρχιεπίσκοπο Ραβέννας. Ο αυτοκράτορας τότε δεν επέμεινε στην απάιτησή του κι αυτό ήταν μία σημαντική νίκη του πάπα.
Λίγο αργότερα ακύρωσε τον γάμο του Λοθαρίου Β΄ της Λωρραίνης και καθαίρεσε τους επισκόπους που έδωσαν άδεια γάμου. Τότε στρατός βάδισε εναντίον του πάπα. Ο αυτοκράτορας όμως αρρώστησε και φοβισμένος ζήτησε συμφιλίωση δίδοντας έτσι ακόμη μία νίκη στον πάπα.
Όλες όμως αυτές οι αξιώσεις προκάλεσαν ανατιδράσεις και μέσα στον εκκλησισατικό κόσμο. Ο αρχιεπίσκοπος Reims Χίνκμαρ προσπάθησε να ενισχύσει το επισκοπικό αξίωμα κι αυτό τον οδήγησε σε σύγκρουση με τη Ρώμη. Παρόλα αυτά τοπικές εκκλησίες άρχισαν να διεκδικούν την ανεξαρτησία τους από τη Ρώμη. Κάτι που ήταν δύσκολο, διότι για να διατηρήσουν ταυτόχρονα την αναεξαρτησία τους από τους τοπικούς ηγεμόνες έπρεπε να στηριχθούν στην αυθεντία του πάπα.
Σε όλα αυτά σενετέλεσαν επίσης και οι λεγόμενες ψευδοϊσιδώρειες διατάξεις, οι οποίες συντάχθηκαν από τον Ισίδωρο Μερκάτωρ άτομο πλαστό. Οι συμπιλητές, δηλαδή αυτά τα άτομα που στην πραγματικότητα σύνταξαν αυτές τις διατάξεις είχαν σκοπό να υπερασπιστούν την εξουσία των επισκόπων και την εκκλησιαστική περιουσία από το αδηφάγο κράτος. Για να πετύχουν το σκοπό τους, εκτός από γνήσια έγγραφα χρησιμοποίησαν και χάλκευσαν πλαστά παπικά έγγραφα καθώς και την λεγόμενη Κωνσταντίνειο δωρεά. Με τα έγγραφα αυτά απγόρευαν την πώληση εκκλησιαστικών κτημάτων, ενίσχυαν τη δύναμη των επισκόπων και απαγόρευαν στους κοσμικούς άρχοντες να αναμυγνύονται στα εκκλησιαστικά ζητήματα. Όλα αυτά συνετέλεσαν όπωμς οι επίσκοποι να εξαρτηθούν ακόμη περισσότερο από τον πάπα. Οι ψευδοισιδώρειες διατάξεις έγιναν δεκτές ως γνήσιες γιατί μ’ αυτές συμφωνούσαν πολλοί. Αυτοί που αποκάλυψαν τον ΙΕ΄ αι. την πλαστότητα της Κωνσταντίνειας δωρεάς αποκάλυψαν και την πλαστότητα αυτών των διατάξεων.