858- 864 μ.Χ Φώτιος πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως. Νέες περιπλοκές από τον πάπα και η Πρωτοδευτέρα σύνοδος της Κωνσταντινουπόλεως
Όταν πέθανε ο πατριάρχης Μεθόδιος τον διαδέχθηκε ο Ιγνάτιος ο οποίος ήταν γιος του αυτοκράτορα Μιχαήλ Ραγκαβέ ο οποίος μετά την πτώση του πατέρα του είχε γίνει μοναχός. Συμφωνούσε με τους ζηλωτές που είχαν ως προπύργιό τους την μονή Στουδίου.
Όμως σύντομα ήρθε σε σύγκρουση με την εξουσία, διότι έλεγξε τον Βάρδα για τις ερωτικές σχέσει που είχε με τη νύφη του Ευδοξία και αρνήθηκε να κάνει μοναχές την Θεοδώρα και τις θυγατέρες της. Αυτά τον οδήγησαν στην εκδίωξή του.
Έγινε σύνοδος η οποία αφού πρώτα αποκατέστησε τον Γρηγόριο Ασβεστά, τον οποίο ο Ιγνάτιος είχε αφορίσει και στη συνέχεια ψήφισε ως νέο πατριάρχη τον Φώτιο. Ο Φώτιος ήταν λαϊκός και χειροτονήθηκε αθρόον, ανέβηκε στους βαθμούς τις ιερωσύνης μέσα σε πέντε μέρες και την ημέρα των Χριστουγέννων του 858 χειροτονήθηκε επίσκοπος από τον Γρηγόριο Ασβεστά και δύο άλλους επισκόπους.
Από την αρχή οι ζηλωτές που υποστήριζαν τον Ιγνάτιο πολέμησαν τον
Φώτιο λέγοντας πως είναι άκυρη η εκλογή του αφού ο πατριαρχικός θρόνος δεν ήταν κενός αφού ο Ιγνάτιος απομακρύνθηκε αυθαίρετα.
Επίσης η αθρόον χειροτονία του Φωτίου γινόταν για πρώτη φορά και απαγορεύονταν από τον ι΄ κανόνα της συνόδου της Σαρδικής.
Οι ζηλωτές ονόμαζαν τον Φώτιο ληστή και μοιχεπιβάτη και συγκεντρώθηκαν στο ναό της Αγίας Ειρήνης όπου διακήρυξαν ότι κανονικός πατριάρχης είναι ο Ιγνάτιος. Ζήτησαν μάλιστα την παρέμβαση του πάπα, αν και οι σχέσεις τότε με την Δυτική εκκλησία δεν ήταν καλές.
Η αντίδραση του Φωτίου ήταν άμεση. Κάλεσε σύνοδο την Άνοικη του 859 στους Αγίους Αποστόλους η οποία καθαίρεσε και αναθεμάτισε τον Ιγνάτιο και απάλλαξε από τις κατηγορίες τον Γρηγόριο Ασβεστά. Ο Ιγνάτιος ήταν εκείνη την εποχή εξορία και ο Βαρδας τον βασάνιζε για να επιτύχει την παραίτησή του. Ο Φώτιος διαμαρτυρήθηκε στον Βάρδα για τις βαιοπραγίες αυτές.
Κατόπιν αποφασίστηκε να συγκληθεί σύνοδος στην Κωνσταντινούπολη με σκοπό να κατοχυρωθούν οι αποφάσεις την Ζ΄ Οικουμενικής σθνόδου και να τακτοποιηθούν και άλλα θέματα. Ο πάπας Νικόλαος έστειλε αντιπορσώπους του τον Ροδοάλδο επίσκοπο Πόρτου και τον Ζαχαρία επίσκοπο Ανάνι. Με επιστολή του προς τον Φώτιο τόνιζε πως οι πατριαρχικές μεταβολές έγιναν χωρίς συμβουλή του και ότι αυτό προκάλεσε την έκπληξή του. Συνέχισε λέγοντας πως οι αντιπρόσωποί του θα εξετάσουν το θέμα και θα του αναφέρουν τα σχετικά ώστε ο ίδιος να κρίνει. Στη συνέχεια έστειλε επιστολή στον αυτοκράτορα Μιχαήλ Γ΄ και ζητούσε να έρθουν και πάλι στη δικαιοδοσία του το Ανατολικό Ιλλυρικό και οι παπικές κτήσεις στην Καλαβρία και στη Σικελία όπου ο Λέων Γ΄ είχε προσαρτήσει στην Κωνσταντινούπολη.
Η σύνοδος συγκλήθηκε τελικά το 861 με τη συμμετοχή 218 επισκόπων. Η σύνοδος αυτή ονομάστηκε πρωτοδευτέρα γιατί παρπομοιάστηκε με την Α΄ Οικουμενική σύνοδο της Νικαίας και θεωρήθηκε δεύτερη μετά την πρώτη. Πρακτικά από την σύνοδο αυτή δεν σώθηκαν γιατί τα κατέστρεψαν οι Ιγνατιανοί.
Ο Ιγνάτιος ήταν ήταν κι αυτός παρόν αλλά ως μοναχός έχοντας όμως την προσδοκία ότι θα αναγνωριστεί από τους παπικούς αντιπροσώπους. Αλλά η σύνοδος επικύρωσε την καθαίρεσή του με την δικαιολογία ότι είχε εκλεγεί αντικανονικά με την επέμβαση της αυτοκράτειρας Θεοδώρας. Αναγνώρισε δε την εκλογή του Φωτίου ως κανονική. Ο Ιγνάτιος εξαναγκάστηκε και έβαλε σταυρό για την καθαίρεσή του.
Ο αυτοκράτορας και ο Φώτιος έστειλαν επιστολές στον πάπα και μεταξύ άλλων του τόνισαν ότι δεν πρέπει να δέχεται κληρικούς από την Ανατολή χωρίς συστατικές επιστολές και αυτό υποννούσε ότι δεν πρέπει ποτέ ξανά να επέμβει και να κρίνει καμμία εκκλησιαστική υπόθεση που δεν άπτεται της επιτηρήσεώς του.
Ο πάπας εξοργίστηκε με όλα αυτά. Δέχτηκε όπως είπε σε επιστολή του προς τον αυτοκράτορα τις αποφάσεις της συνόδου για τις εικόνες, αλλά αποδοκίμασε τα όσα αποφασίστηκαν για τον Ιγνάτιο και τον Φώτιο και ζήτησε να παρουσιαστούν και οι δύο μπροστά του για να κρίνει.
Επειδή όμως δεν έλαβε απάντηση, συγκάλεσε σύνοδο τον Αύγουστο του 863 στην οποία καταδίκασε και καθαίρεσε τον Φώτιο ως σχισματικό, ταραξία και υβριστή της Ρωμαϊκής εκκλησίας. Καθαίρεσε επίσης τους αντιπροσώπους του Ζαχαρία και Ροδοάλδο. Τον Φώτιο τον ονόμασε «ξένο πάσης τιμής και ονομασίας». Τις αποφάσεις αυτές γνωστοποίσε στα πατριαρχεία της Ανατολής.
Ο αυτοκράτορας όταν έμαθε τις αποφάσεις του πάπα είπε ότι αυτός που έγραψε έβαλε στην πένα στο στόμα φιδιού και έγραψε με δηλητήριο αντί με μελάνι. Του έγραψε ότι οι αποφάσεις αυτές δεν έχουν κανένα κύρος και ότι κανείς δεν τον όρισε κριτή, ότι οι αποφάσεις της Κωνσταντινουπόλεως είναι τελεσίδικες και ότι πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως είναι ο Φώτιος. Ο πάπας ανταπάντησε προβάλλωντας τις αξιώσει του για το πρωτείο, υποστήριξε πως ο αυτοκράτορας δεν έχει κανένα δικαίωμα να συγκαλεί συνόδους και ότι μόνον αυτό έχει το δικαίωμα να κρίνει την νομιμότητα της εκλογής του Φωτίου γιατί πήρε από τον Σωτήρα την εξουσία σε όλη τη γη και συνεπώς και σε όλη την εκκλησία.
Ο πάπας έστειλε αντιπροσώπους του στην Κωνσταντινούπολη, αλλά δεν εισήλθαν ποτέ στην πόλη γιατί τους γύρισαν πίσω επειδή δεν υπόγραψαν ομολογία ορθοδόξου πίστεως και δεν αναγνώρισαν τον Φώτιο ως πατριάρχη.