Η Θεοδώρα δεν σεβάστηκε τις επιθυμίες του συζύγου της. Το συμβούλιο της αντιβασιλείας αμέσως συμφώνησε να επανέλθουν οι εικόνες. Ανάγκασαν τον πατριάρωη Ιωάννη Γραμματικό να παραιτηθεί και στη θέση του τοποθετήθηκε ο Μεθόδιος ο Ομολογητής (843-846). Αμέσως συνεκλήθη σύνοδος η οποία καθαίρεσε τον Ιωάννη Γραμματικό και επανέφεραν σε ισχύ τις αποφάσεις της Ζ΄ Οικουμενικής Συνόδου. Ο πατριάρχης ύστερα από παράκληση της Θεοδώρας συγχώρεσε τον Θεόφιλο. Την επόμενη Κυριακή, πρώτη Κυριακή των Νηστειών της Μ. Σαρακοστής επανέφεραν με επίσημη τελετή τις εικόνες στους ναούς και από τότε εορτάζεται την Κυριακή αυτή ο θρίαμβος της Ορθοδοξίας. Έτσι με τη νίκη των εικονολατρών τελείωσε οριστικά το ζήτημα των εικόνων που ταλαιπώρησε το Βυζάντιο περισσότερο από έναν αιώνα.
Την εποχή αυτή μία ακόμη αίρεση ταλαιπώρησε το Βυζάντιο. Η αίρεση των Παυλικιανών που ξεκίνησε το 641 από τους αδελφούς Παύλο και Ιωάννη. Σημαντικότερος όμως ηγέτης αναδείχθηκε ο Σέργιος. Οι Παυλικιανοί έχοντας ορμητήριο την Τεφρική έκαναν καταστρεπτικές επιδριμές στις χώρες της αυτοκρατορίας. Η Θεοδώρα έκανε σκληρό διωγμό εναντίον, στον οποίο όπως λένε σκότωσε 100.000 αριθμός που κρίνεται όμως υπερβολικός. Αργότερα ο νέος τους αρχηγός Χρυσοχείρας νίκησε τους Βυζαντινούς, κάτι που ανάκγασε τον Βασίλειο Α΄ Μακεδών να τους επιτεθεί συντρίβοντάς τους και σκοτώνοντας τον Χρυσοχείρα.
Ο Ιωάννης Τσιμισκής τους μετέφερε στην Φιλιππούπολη απ’ όπου αυτοί ελεύθεροι έκαναν προσηλυτισμό νέων οπαδών.
Οι Παυλικιανοί είχαν ανάλογεςε ιδέες με τους Μανιχαίους και τους Μαρκιωνίτες. Θεωρούσαν την Π. Διαθήκη βιβλίο του πονηρού. Δέχονταν δύο θεούς ή αρχές. Τον αγαθό θεό και τον πονηρό θεό. Ο αγαθός θεός έστειλε τον Λυτρωτή που ήταν κτίσμα για να σώσει τον κόσμο. Η ενανθρώπηση έγινε κατά φαντασία. Δεν τιμούσαν την Θεοτόκο, τους αγίους, τις εικόνες, τον σταυρό και τα άγια λείψανα. Για τον απόστολο Πέτρο αισθάνονταν μίσος και τιμούσαν εξαιρετικά τον απόστολο Παύλο. Το όνομά τους όμως δεν προέρχονταν από τον απόστολο Παύλο, αλλά από το αρμενικό υποκοριστικό του Παύλου Παυλίκ, που σημαίνει μικρό και άθλιο Παύλο. Το όνομα Παυλικιανοί το έδωσαν σ’ αυτούς οι Βυζαντινοί, οι ίδιοι ονόμαζαν τους εαυτούς τους χριστιανούς.