Διάδοχος του Κωνσταντίνου Β΄ ήταν ο γιος του Ιουστινιανός Β΄, ο οποίος πολέμησε χωρίς επιτυχία εναντίον των Βουλγάρων και των Αράβων. Όταν ανέβηκε στον θρόνο ήταν 16 ετών, εγωιστής, ισχυρογνώμον και χωρίς πείρα. Το 687 συγκέντρωσε τα πρακτικά της Στ΄ Οικουμενικής συνόδου και αφού συγκέντρωσε τους επισκόπους και αξιωματούχους του κράτους τα διάβασαν και κατόπιν τα υπέγραψαν.
Η Ε΄και η Στ΄ οικουμενικές σύνοδοι δεν συνέταξαν κανόνες, γι’ αυτό ο Ιουστινιανός β΄ κάλεσε σύνοδο που ονομάζεται Β΄ εν Τρούλλω ή Πενθέκτη, γιατί με κάποιο τρόπο αποτελεί συμπλήρωμα Της Ε΄και ΣΤ΄ οικουμενικών συνόδων.
Η κακοδιαχείριση του αυτοκράτορα προκάλεσε σύντομα επανάσταση από τον στρατηγό Λεόντιο. Έπιασαν τον Ιουστινιανό του έκοψαν τη μύτη και την γλώσσα και ο Λεόντιος έγινε αυτοκράτορας το 695. Η βασιλεία του Λεοντίου κράτησε ως το 698 οποότε ο στρατός επαναστάτησε και ανακήρυξε αυτοκράτορα τον Αψίμαρο Τιβέριο. Όμως ταυτόχρονα ο Ιουστινιανός από τον τόπο της εξορίας τη Χερσώνα προετοίμασε την επάνοδό του. Ζήτησε βοήθεια από τους Βούλγαρους και αφού κατάφερε να μπει κρυφά στην πόλη, πήρε και πάλι τον θρόνο του παίρνοντας βροντερή εκδίκηση από τους αντιπάλους του.
Όταν ο Ιουστινιανός πήρε και πάλι τον θρόνο, πάπας ήταν ο Ιωάννης ΣΤ΄, έλληνας τον οποίο διαδέχτηκε ο Ιωάννης Ζ΄ και κατόπιν ο Κωνσταντίνος. Ο πάπας Κωνστνατίνος συναντήθηκε με τον αυτοκράτορα στη Νικομήδεια κι εκεί επιδοκίμασε ένα μόνο μέρος των κανόνων της συνόδου.
Το 711 ο Βαρδάνης Φιλιππικός έκανε επανάσταση, κατέλαβε την Κωνσταντινούπολη, νίκησε τον Ιουστινιανό τον οποίο αποκεφάλισαν στέλνοντας το κεφάλι του σε διάφορες επαρχίες ως και την Ρώμη. Οι επαναστάτες σκότωσαν και τον ανήλικο γιο του Ιουστινιανού Τιβέριο κι έτσι εξέλειψε πια η δυναστεία του Ηρακλείου που βασίλεψε έναν αιώνα.