553 μ.Χ Η Ε΄ Οικουμενική Σύνοδος στην Κωνσταντινούπολη
Για την σύγκληση της συνόδου είχαν γίνει διαπραγματεύσεις. Ο Βιγίλιος ήθελε να συγκληθεί στην Ιταλία ή στη Σικελία για να παραστούν επίσκοποι από τη Δύση και τη Β. Αφρική. Ο Ιουστινιανός αρνήθηκε και ζήτησε από κάθε πατριαρχείο να στείλει ίσο αριθμό αντιπροσώπων. Ο πάπας διαφώνησε και πρότεινε να γίνει σύσκεψη με ίσο αριθμό Ανατολικών και Δυτικών επισκόπων.
Τελικά αποφασίστηκε η σύνοδος να γίνει στο Σεκρεντάριο της Αγ. Σοφίας, μια μεγάλη αίθουσα στο ανάκτορο του πατριάρχη και άρχισε στις 5 Μαΐου 553.. Πρόεδρος ήταν ο πατριάρχης Ευτύχιος, γιατί ο πάπας δεν ήρθε. Ήταν παρόντες 150 επίσκοποι. Ο Ιουστινιανός δεν πήγε και δεν έστειλε ούτε και αντιπροσώπους, ήξερε όμως ότι οι επίσκοποι δεν θα τολμούσαν να εκφράσουν διαφορετική άποψη από τη δική του. Έστειλε όμως επιστολή στην οποία παρουσίαζε τους προκατόχους του αυτοκράτορες ως υπερασπιστές της πίστεως και ότι ο ίδιος συνομίλησε με κάθε έναν επίσκοπο ξεχωριστά για το ζήτημα των τριών κεφαλαίων και ότι κανένας δεν υπήρξε που να μην συμφωνεί μαζί του.Επειδή όμως βρέθηκαν κάποιοι ασεβείς, ο αυτοκράτορας κάλεσε σύνοδο για να δοθεί ευκαιρία στους επισκόπους να εκφράσουν τη θέλησή τους.
Στο τέλος της πρώτης συνεδριάσεως απεσταλμένοι της συνόδου πήγαν στον πάπα και τον παρακάλεσαν να έλθει στη σύνοδο, εκείνος όμως αρνήθηκε λέγοντας ότι είναι άρρωστος. Την επομένη πάλι τον προσκάλεσαν, όμως απάντησε ότι δεν έρχεται, θα μπορούσε να έρθει αν έρχονταν και άλλοι επίσκοποι από την Ιταλία.
Στη σύνοδο διαβάστηκαν γνώμες πατέρων της εκκλησίας και προτάσεις από συγγράμματα του Θεοδώρου Μοψουεστίας, του Ίβα και του Θεοδώρητου Κύρου. Η σύνοδος συμφώνησε με τον αυτοκράτορα και τους καταδίκασε.
Ο πάπας δημοσίευσε έγγραφο με υπογραφές 16 επισκόπων προς τον αυτοκράτορα, στο οποίο ανέφερε όλες τις περιπέτειές του έως ότου συγκλήθηκε η σύνοδος. Εξέταζε 60 προτάσεις από τα έργα του Θεοδώρου Μοψουεστίας τις οποίες καταδίκαζε με την αποστολική αυθεντία, όμως δεν καταδίκαζε την μνήμη του, γιατί πέθανε στους κόλπους της εκκλησίας και ήταν ασυνήθιστο να καταδικάζονται οι νεκροί. Επίσης δεν καταδίκαζε το Θεοδώρητο και τον Ίβα, γιατί δεν ήθελε να έρθει σε αντίθεση με την απόφαση της Δ΄ Οικουμενικής Συνόδου η οποία τους είχε απαλλάξει από κάθε κατηγορία ότι ήταν νεστοριανοί. Στην επιστολή του τέλειωνε με πέντε αναθεματισμούς εναντίον όσων καταδίκαζαν τα τρία κεφάλαια προφορικά ή γραπτά. Ο πάπας έστειλε έναν διάκονο για να παραδώσει το έγγραφο, ο αυτοκράτορας όμως αρνήθηκε να το παραλάβει και δήλωσε στη σύνοδο ότι ο πάπας καταδίκασε ήδη τα τρία κεφάλαια και παρουσίασε δύο ακόμη έγγραφα στα οποία ο πάπας έδινε υπόσχεση να μη κάνει τίποτα αντίθετο με τη γνώμη του αυτοκράτορα. Έτσι, κατόπιν ζήτησε να γίνει η διαγραφή του ονόματος του πάπα από τα δίπτυχα όλων των εκκλησιών. Η σύνοδος τον διέγραψε, όμως δεν τον αφόρισε. Εν τέλει η σύνοδος δήλωσε ότι είναι δυνατή η καταδίκη των νεκρών που έπεσαν σε αίρεση και διατύπωσε 14 αναθεματισμούς, τους οποίους αντέγραψε από το έγγραφο του αυτοκράτορα και σύμφωνα με τους οποίος καταδίκασε όλα τα έργα του Θεοδώρου Μοψουεστίας, τις ασεβείς εκφράσεις του Θεοδωρήτου Κύρου εναντίον της συνόδου της Εφέσου και των αναθεματισμών του Κυρίλλου Αλεξανδρείας και η επιστολή του Ίβα όπου αρνιόταν την ενσάρκωση του Λόγου και κατηγορούσε τον Κύριλλο ότι ήταν απολλιναριστής.
Εποίσης, ο Ιουστινιανός ζήτησε να καταδικαστούν οι ωριγενιστές μοναχοί της Παλαιστίνης, τους ισοχρίστους και τον Ωριγένη. Ο Ωριγένης είχε καταδικαστεί με το διάταγμα του Ιουστινιανού το 543, το οποίο είχε υπογραφεί από όλους τους πατριάρχες και τον πάπα. Έτσι η σύνοδος στην 8η συνεδρίασή της καταδίκασε τους αιρετικούς και τον Ωριγένη στον 11ο αναθεματισμό.
Μετά την σύνοδο ο Ναρσής κυρίεψε και πάλι την Ρώμη το 552 και ο κλήρος και ο λαός της πόλεως ζητούσε να επιστρέψει ο πάπας που απουσίαζε 10 χρόνια τώρα. Ο Ιουστινιανός δήλωσε ότι μπορεί να φύγει αν υπογράψει ότι αναγνωρίζει την Ε΄ Οικουμενική Σύνοδο. Μετά από έξι μήνες ο πάπας έστειλε έγγραφο στον πατριάρχη Ευτύχιο στο οποίο έγραφε ότι πλανήθηκε και ότι τώρα δεν αισθάνεται ντροπή να υπαναχωρήσει. Αφού διάβασε τους πατέρες, αναγνώρισε τα σφάλματα των τριών κεφαλαίων που καταδικάστηκαν στη σύνοδο και τα αναθεμάτισε και ο ίδιος. Το 554 δημοσίευσε νέο έγγραφο με το οποίο δέχτηκε την καταδίκη των τριών κεφαλαίων. Έτσι αφού συμφιλιώθηκε με τον Ιουστινιανό αναχώρησε για την Ιταλία, όμως δεν έφτασε στη Ρώμη, το πλοίο σταμάτησε στις Συρακούσες της Σικελίας και εκεί ο πάπας πέθανε από κρίση στα νεφρά.