543 μ.Χ ΤΑ "ΤΡΙΑ ΚΕΦΑΛΑΙΑ"
Το 543 ο Ιουστινιανός με την υποστήριξη της Θεοδώρας δημοσίευσε διάταγμα με το οποίο α) καταδίκαζε τον Θεόδωρο Μοψουεστίας και τα έργα του, β) τον Θεοδώρητο Κύρου και τα έργα που έγραψε εναντίον των 12 αναθεματισμών του Κυρίλλου Αλεξανδρείας και γ) τον Ίβα Εδέσσης και την επιστολή που έγραψε προς τον Μαρί επίσκοπο Χαρντασίρ. Στο διάταγμα πρόσθεσε και αναθεματισμούς (κεφάλαια) και γι’ αυτό πήρε την ονομασία αυτή.
Στο διάταγμα αυτό υπήρχε η δυσκολία ότι ο Θεόδωρος Μοψουεστίας είχε πεθάνει ειρηνικά σε κοινωνία με την εκκλησία, ενώ οι δύο άλλοι αθωώθηκαν και αποκαταστάθηκαν από την Δ΄ οικουμενική σύνοδο, αφού πρώτα είχαν αναθεματίσει και αποκηρύξει τον Νεστόριο.
Έτσι πολύ πίστεψαν ότι με το διάταγμα αυτό πλήττεται η αξιοπιστία της Δ΄ Οικουμενικής συνόδου. Οι πατριάρχες της Ανατολής υπέγραψαν με δυσκολία το διάταγμα. Στη Δύση όμως αποδοκίμαζαν το διάταγμα και περίμεναν την απόφαση του πάπα Βιγίλιου. Τελικά ύστερα από μακρά αργοπορία, το 548 ο πάπας συνέταξε έγγραφο «απόφαση» το οποίο δεν σώθηκε, με το οποίο καταδίκαζε τα «τρία κεφάλαια» με την ισχυρή επιφύλαξα ότι δεν βλάπτεται η Δ΄ Οικουμενική Σύνοδος. Την ίδια χρονιά η αυτοκράτειρα Θεοδώρα πέθανε, κάτι που ενίσχυσε στην Δύση την αντίθεσή τους τόσο απέναντι στον Ιουστινιανό, όσο και απέναντι στον πάπα Βιγίλιο. Ο πάπας έπεισε τότε τον αυτοκράτορα να σταματήσει τη συζήτηση για τα «τρία κεφάλαια» έως ότου τα συζητήσουν σε οικουμενική σύνοδο. Ο Ιουστινιανός συμφώνησε αφού πρώτα ο πάπας ορκίστηκε εγγράφως ότι θ’ ασκήσει την επιρροή του για την καταδίκη των τριών κεφαλαίων. Παράλληλα ο αυτοκράτορας έκανε προσπάθειες να πάρει με το μέρος του τους επισκόπους της Β. Αφρικής τους οποίους κάλεσε στην πρωτεύουσα χωρίς να πετύχει όμως τον σκοπό του. Τότε ζήτησε την υπογραφή του πάπα Βιγιλίου, ο οποίος αντί όμως να υπογράψει αφόρισε τον Ασκιδά ως υποκινητή του διατάγματος. Μόλις αυτό έγινε γνωστό, ο Ιουστινιανός θέλησε να συλλάβει τον Βιγίλιο, οποίος όμως βρήκε άσυλο στον ναό του αγ. Πέτρου. Τότε ακολούθησαν τραγικά γεγονότα. Οι στρατιώτες παραβίασαν τις θύρες του ναού, έδιωξαν τους Δυτικούς κληρικούς που προστάτευαν τον πάπα, ενώ ο ίδιος για να σωθεί μπήκε κάτω από την Αγία Τράπεζα και κρατήθηκε από τους κιονίσκους. Οι στρατιώτες τον τραβούσαν από τα πόδια και η Αγία Τράπεζα άρχισε να υποχωρεί, έτσι για να μη σκοτωθεί οι στρατιώτες υποχώρησαν. Η Αγία Τράπεζα γκρεμίστηκε και ο λαός αποδοκίμασε έντονα τους στρατιώτες οι οποίοι έφυγαν τρέχοντας για να σώσουν τη ζωή τους. Η αποτυχία αυτή έκανε τον αυτοκράτορα να αλλάξει στάση. Έστειλε μάλιστα πρεσβεία στον πάπα μέσω της οποία διαβεβαίωνε ότι ο πάπας και οι κληρικοί του θα είναι πλέον ασφαλείς. Όμως, όταν ο πάπας και οι κληρικοί του επέστρεψαν στο ανάκτορο που ζούσαν πρωτύτερα, ο αυτοκράτορας τους επέβαλε περιορισμούς, ώσπου ο Βιγίλιος απελπισμένος πια, πέρασε τον Βόσπορο στις 23 Δεκεμβρίου 551 και πήγε στην Χαλκηδόνα όπου κατέφυγε στον ναό της αγ. Ευφημίας.
Ο Ιουστινιανός που δεν ήθελε να διακόψει σχέσεις με τον πάπα, του ζήτησε να γυρίσει στην Κωνσταντινούπολη. Ο πάπας όμως του απάντησε ότι θα γυρίσει μόνο αν ο αυτοκράτορας ακυρώσει το διάταγμα. Ο Ιουστινιανός όμως δεν απάντησε θετικά και τότε ο πάπας με εγκύκλιο ανέφερε όλες τις σκληρότητες που υπέφερε από τον Αύγουστο του 551 και εξέθεσε την πίστη του σύμφωνα με την διδασκαλία των τεσσάρων οικουμενικών συνόδων και παράλληλα δημοσίευσε τον αφορισμό του Ασκιδά και του πατριάρχη Μηνά και όλων των επισκόπων που τον ακολουθούσαν. Τότε ο πατριάρχης και ο Ασκιδάς, έγραψαν στον πάπα, ζήτησαν συγγνώμη και αναγνώρισαν χωρίς επιφυλάξεις τις τέσσερις οικουμενικές συνόδους. Ο πάπας ικανοποιημένος γύρισε στην Κωνσταντινούπολη και ύστερα από λίγο ο Μηνάς πέθανε (Αυγ. 552) και τον διαδέχθηκε ο Ευτύχιος. Ο νέος πατριάρχης την ημέρα της ενθρονίσεώς του (6 Ιανουαρίου 553) κατέθεσε έγγραφη ομολογία πίστεως στον πάπα την οποία υπέγραψαν και άλλοι δύο πατριάρχες. Ο πάπας έπειτα απ’ όλα αυτά δήλωσε ότι συμφωνούσε για την σύγκληση συνόδου για το ζήτημα των τριών κεφαλαίων και σύμφωνα με τις αποφάσεις των τεσσάρων οικουμενικών συνόδων.