431 μ.Χ Η Γ΄ΟΙΚΟΥΜΕΝΙΚΗ ΣΥΝΟΔΟΣ ΣΤΗΝ ΕΦΕΣΟ
Όταν ξέσπασε η διαμάχη στην Κωνσταντινούπολη, ο Νεστόριος έστειλε στον πάπα Ρώμης Καιλεστίνο (422-432) επιστολή με την οποία εξηγούσε την πίστη του με ύφος περήφανο και αφελές. Την εξέτασε ο διάκονος Λέων, ο κατοπινός πάπας. Ο Κύριλλος Αλεξανδρείας έστειλε απευθείας επιστολή στον Νεστόριο, με την οποία του ζητούσε να δεχτεί την Παρθένο Μαρία ως Θεοτόκο, ο Νεστόριος απάντησε χωρίς να δώσει ιδιαίτερη σημασία. Και δεύτερη επιστολή του Κυρίλλου είχε την ίδια τύχη. Τότε ο Κύριλλος έγραψε στον πάπα, στον αυτοκράτορα Θεοδόσιο Β΄ και στην Πουλχερία, αδερφή του αυτοκράτορα η οποία ασκούσε μεγάλη επιρροή στον αυτοκράτορα. Ο Θεοδόσιος του απάντησε κατηγορώντας τον ότι προκαλεί ταραχές στην εκκλησία. Στη Ρώμη όμως ο πάπας που ήξερε τις αντιλήψεις του Νεστορίου από τον ίδιο συγκάλεσε σύνοδο τον Αύγουστο του 430 η οποία δήλωσε ότι ο Νεστόριος είναι αιρετικός. Ο Νεστόριος απευθύνθηκε στον αυτοκράτορα ο οποίος αποφάσισε τον Νοέμβριο του 431 να καλέσει σύνοδο στην Έφεσο την Πεντηκοστή του 431. Εν τω μεταξύ ο Κύριλλος είχε συγκαλέσει σύνοδο στην Αλεξάνδρεια η οποία στο τέλος των πρακτικών της περιείχε 12 αναθεματισμούς-προτάσεις εναντίον της πλάνης του Νεστορίου.
Ο Ιωάννης Αντιοχείας καταδίκασε αυτούς τους αναθεματισμούς και ζητούσε να ανακηρυχθεί ο Κύριλλος ως αιρετικός.
Στη σύνοδο ο Νεστόριος ήρθε από τους πρώτους με 15 επισκόπου και συνοδευόμενος από στρατιωτική συνοδεία. Αντιπρόσωπος του αυτοκράτορα ήταν ο κόμης Κανδιδιανός. Ο Κύριλλος έφτασε με 50 επισκόπους, πολλούς μοναχούς και ναύτες Αιγυπτίους. Ο Ιωάννης Αντιοχείας με τους επισκόπους του καθυστέρησε, όμως ειδοποίησε ότι πρόκειται να έρθει.
Τελικά αυτοί αργοπόρησαν πάνω από 15 μέρες και τελικά η πρώτη συνεδρίαση της συνόδου ξεκίνησε με εμφανή καθυστέρηση τη 22 Ιουνίου με την προεδρία του Κυρίλλου και την παρουσία 160 επισκόπων, αργότερα έφτασαν κι’ άλλοι φτάνοντας συνολικά τους 200.
Η σύνοδος κάλεσε τον Νεστόριο τρεις φορές, όμως αυτός αρνήθηκε να παρουσιαστεί. Διάβασαν στη σύνοδο διάφορα έγγραφα, το σύμβολο της Νίκαιας, τη δεύτερη επιστολή του Κύριλλου προς τον Νεστόριο, την απάντησή του, τις επιστολές του πάπα Καιλεστίνου, το συνοδικό της Αλεξανδρείας με τους 12 αναθεματισμούς, λόγους του Νεστορίου από τους οποίους φάνηκε η αιρετική του διδασκαλία. Κατόπιν η σύνοδος αναθεμάτισε και κήρυξε ως έκπτωτο από τον θρόνο του τον Νεστόριο. Η απόφαση υπογράφηκε από 198 επισκόπους.
Στο μεταξύ έφτασε ο Αντιοχείας Ιωάννης με 54 επισκόπους από τη Συρία οι οποίοι συνεδρίασαν ξεχωριστά και διακήρυξαν ότι ο Κύριλλος παραβίασε τις αυτοκρατορικές εντολές και τον καθαίρεσαν.
Οι παπικοί αντιπρόσωποι σε συνεδρίασή τους στις 10 Ιουλίου διακήρυξαν ότι όλα όσα έγιναν ήταν κανονικά, υπόγραψαν τις αποφάσεις της Εφέσου και τις έστειλαν στον αυτοκράτορα λέγοντας ότι ο Νεστόριος αφορίστηκε απ’ όλη την οικουμένη. Στη συνέχεια αφόρισαν τον Ιωάννη
Αντιοχείας και τους 54 επισκόπους του.
Ο Αυτοκράτορας θέλησε παρόλα αυτά να εξετάσει περισσότερο την σύνοδο της Εφέσου και έστειλε τον κόμη Ιωάννη να εξετάσει τα πράγματα. Αυτός συνέλαβε τον Κύριλλο, τον Νεστόριο και τον Μέμνονα και τους φυλάκισε. Ακολούθησαν πολλά έκτροπα με ραδιουργίες και δωροδοκίες. Ο Κύριλλος χρειάστηκε να δαπανήσει πολλά χρήματα για ν’ αντιμετωπίσει τους ισχυρούς αυλικούς φίλους του Νεστορίου.
Στις 14 Σεπτεμβρίου στο ανάκτορο του Ρουφίνου στην Χαλκηδόνα έγινε σύσκεψη όπου επικυρώθηκε η καθαίρεση του Νεστορίου, άφησαν ελεύθερο τον Κύριλλο ο οποίος έγινε δεκτός με ενθουσιασμό στην Αλεξάνδρεια από τον λαό, ενώ ο Νεστόριος εξορίστηκε και στη θέση του εξελέγει πατριάρχης ο Μαξιμιανός.
Ο Ιωάννης Αντιοχείας ύστερα από πολλές πιέσεις δέχτηκε τον όρο της συνόδου της Εφέσου και ύστερα από πολλούς δισταγμούς την καταδίκη του φίλου του Νεστορίου. (433)
Επικράτησε λοιπόν η φράση «ομολογούμε έναν Χριστό, ένα Υιόν, ένα Κύριον».
Κατόπιν ο Κύριλλος και ο Ιωάννης Αντιοχείας αντάλλαξαν εγκάρδιες επιστολές και ανακοίνωσαν τη συμφωνία στον αυτοκράτορα, στον επίσκοπο Κωνσταντινουπόλεως Μαξιμιανό και στον πάπα Σίξτο Γ΄.
Ο Ιωάννης Αντιοχείας προχώρησε μάλιστα στην εξορία 40 αντιφρονούντων επισκόπων που με κανέναν τρόπο δεν ήθελαν να δεχτούν τον όρο της Εφέσου.
Πολλοί μοναχοί στην Αλεξάνδρεια ήθελαν να καταδικαστούν ο Διόδωρος Ταρσού και ο Θεόδωρος Μοψουεστίας που τους θεωρούσαν ως προδρόμους του Νεστορίου. Όμως ο αυτοκράτορας με διάταγμα κατόπιν παραινέσεως των Κυρίλλου και Ιωάννη Αντιοχείας απαγόρευσε να συκοφαντούνται άνθρωποι που πέθαναν ειρηνικά στους κόλπους της εκκλησίας.
Τι απόγινε ο Νεστόριος; Από το 431 ήταν περιορισμένος στη μονή Ευτρεπίου κοντά στην Αντιόχεια. Το 435 μεταφέρθηκε στην Πέτρα της Αραβίας και τελικά εξορίστηκε στη Μεγάλη Όαση στην Αίγυπτο όπου έγραψε και το βιβλίου του Ηρακλέιδη. Πέθανε το 451 παραμένοντας μέχρι το τέλος αμετακίνητος στις ιδέες του.
Ο Κύριλλος Αλεξανδρείας πέθανε το 444.
Όσοι εξορίστηκαν από τον Ιωάννη Αντιοχείας βρήκαν καταφύγιο στο Περσικό κράτος και πήγαν στη Νίσιβι όπου υπήρχε θεολογική σχολή. Η διδασκαλία τους διαδόθηκε στην εκκλησία της Μεσοποταμία-Περσίας η οποία θεωρούσε την υπόλοιπη εκκλησία αιρετική. Αργότερα ένας από τους σασανίδες βασιλιάδες διακήρυξε ότι οι Νεστοριανοί πρέπει να γίνονται δεκτοί στην Περσία και αργότερα στην Ινδία. Έτσι η διδασκαλία του Νεστορίου δεν εξαφανίστηκε, αλλά έγινε αισθητή μέχρι τα βάθη της Ασίας.