Ο Καλβίνος γεννήθηκε στη Νοαγιόν της Πικαρδίας στη Γαλλία το 1509. Ο πατέρας του ήταν γραμματέας του επισκόπου. Πήρε το πτυχίο της νομικής, αλλά στράφηκε στις ουμανιστικές σπουδές και ασχολήθηκε με τα ελληνικά και τα εβραϊκά.
Κάποια στιγμή αισθάνθηκε ότι του μίλησε ο Θεός από τη Γραφή και τότε έγινε μέσα του ολοκληρωτική μεταστροφή. Παραιτήθηκε από τις επισκοπικές επιχορηγήσεις που λάμβανε και έφυγε από το Παρίσι και πήγε στη Βασιλεία. Το 1536 έγραψε το έργο του «Θεσμοί της χριστιανικής θρησκείας» που τον κατέστησε περίφημο ανάμεσα στους θεολόγους της εποχής του. Στον πρόλογο έχει επιστολή προς τον Φραγκίσκο Α΄ της Γαλλίας, η οποία είναι ένα από τα αριστουργήματα της μεταρρυθμιστικής φιλολογίας. Με την επιστολή αυτή ζητούσε να παραχωρηθεί ελευθερία στους Προτεστάντες.
Ο Καλβίνος πίστευε ότι ο άνθρωπος γνωρίζει τον Θεό μέσα από την Αγ. Γραφή όπου ομιλεί ο ίδιος ο Θεός. Με την πτώση του ο άνθρωπος έχασε την αγαθότητά του και είναι πλέον απολύτως ανίκανος να εκτελέσει το αγαθό. Ο Χριστός σώζει τον άνθρωπο απ’ αυτήν την πραγματικότητα διά μέσου του σταυρικού Του θανάτου. Σώζει όμως όχι όλους, αλλά μόνο εκείνους για τους οποίους απέθανε. Τα αγαθά έργα που κάνει ο πιστός, αποτελούν απόδειξη ότι πραγματοποιήθηκε η σωτήρια ένωση του ανθρώπου με τον Θεό. όμως η σωτηρία του ανθρώπου είναι αποτέλεσμα της προαιώνιας απόφασης του Θεού που δεν είναι κανείς ικανός να εξετάσει ή να κρίνει. Βεβαιότητα για το ότι κάποιος ανήκει στους προορισμένους για τη σωτηρία, είναι ότι έχει ενταχθεί στην εκκλησία του Καλβίνου.
Ο Καλβίνος αναγνώριζε μόνο δύο μυστήρια, το βάπτισμα και τη Θ. Ευχαριστία. Για την Θεία Ευχαριστία δεν αρνήθηκε κάθε φυσική παρουσία του Χριστού, αλλά δέχονταν την πνευματική παρουσία, στην οποία μετέχει ο πιστός. Έλεγε: «Ο Χριστός από την ουσία της σάρκας του εμφυσάει ζωή στις ψυχές μας, εγχύνει τη ζωή του μέσα μας, αν και η πραγματική σάρκα του Χριστού δεν εισέρχεται εντός μας».
Μετά από σύντομη περιοδεία στην Ευρώπη έφτασε στη Γενεύη όπου μετά από προτροπή του φίλου του Φαρέλ, παρέμεινε εκεί κατορθώνοντας να πείσει τους κατοίκους της πόλεως να δεχτούν την «ομολογία πίστεώς του» ως προϋπόθεση του να παραμείνει κάποιος πολίτης της Γενεύης.
Το 1538 όμως η μεγάλη αυστηρότητά του έφερε αντίδραση και το νέο συμβούλιο της πόλεως τον έδιωξε μαζί με τον φίλο του Φαρέλ.
Ο Καλβίνος βρήκε καταφύγιο στο Στρασβούργο για τα επόμενα τρία χρόνια. Διορίστηκε εκεί πάστορας των Γάλλων προσφύγων. Αναμόρφωσε τις Γερμανικές εκκλησίες μετατρέποντάς τες σε καλβινιστικές. Συνδέθηκε πνευματικά με τον Μελάγχθονα και κατόπιν παντρεύτηκε τη χήρα ενός Αναβαπτιστή.
Στη Γενέυη έγινε πολιτική μεταβολή και κυριάρχησαν οι οπαδοί του. Τον κάλεσαν το 1541 και έγινε εκεί κυρίαρχη προσωπικότητα ως το θάνατό του. Εκεί καθιερώθηκαν οι εκκλησιαστικές του διατάξεις, σύμφωνα με τις οποίες οι αξιωματούχοι της εκκλησίας (ποιμένες, διδάσκαλοι, πρεσβύτεροι και διάκονοι) αναλαμβάνουν το έργο τους με τη συγκατάθεση της κοινότητας την οποία υπηρετούν. Αρμόδιο για τον διορισμό των διδασκάλων και των εκκλησιαστικών λειτουργών ήταν το Σεβάσμιο συμβούλιο, αποτελούμενο από πάστορες και διδασκάλους.
Στο λειτουργικό κομάτι, ο Καλβίνος καθιέρωσε τη λειτουργία του Στρασβούργου με ορισμένς τροποποιήσεις. Η Θ. Ευχαριστία παρά τη διαφωνία του Καλβίνου, αποφασίστηκε να τελείται 4 φορές το χρόνο ως ανάμνηση και επανάληψη του Μυστικού Δείπνου. Διατηρήθηκαν οι Κυριακές τα Χριστούγεννα, το Πάσχα και η Πεντηκοστή ως αργίες. Οι εκκλησίες δεν είχαν καμία εσωτερική διακόσμηση, ούτε οι λειτουργοί άμφια.
Ο Καλβίνος επέβαλε έλεγχο των κατοίκων για να διαπιστώνεται ο ηθικός τρόπος ζωής των πολιτών. Κάθε παράβαση τιμωρούνταν με αυστηρότητα. Οι τιμωρίες είχαν να κάνουν με δημόσια συγγνώμη των παραβατών από την κοινότητα, αφορισμό ή αν η παράβαση ήταν πολύ βαριά, θανάτωση. Πολλοί λοιπόν ήταν αυτοί που εκτελέστηκαν.
Ο πρώτος που επέφερε σημαντικό πλήγμα στην αξιοπιστία του Καλβίνου, ήταν ο γιατρός και πρώην μοναχός Κάρολος Μπολσέκ, ο οποίος ισχυρίστηκε ότι η διδασκαλία για τον απόλυτο προορισμό είναι πλανεμένη. Κατάφερε μάλιστα να επιβάλλει τις απόψεις του, ώσπου εξορίστηκε, ύστερα έγινε ξανά Ρωμαιοκαθολικός και για εκδίκηση έγραψε βιογραφία του Καλβίνου γεμάτη συκοφαντίες.
Μία δίκη του Μιχαήλ Σερβέτου, έσωσε τον Καλβίνο από το αδιέξοδο. Αυτός με το ψευδώνυμο Βιλλνέβ σπούδασε ιατρική και ανακάλυψε την κυκλοφορία του αίματος. Εγκαταστάθηκε στην Βιέν της Γαλλίας και έγινε γιατρός του αρχιεπισκόπου. Έγραψε μυστικά το έργο «Αποκατάσταση του χριστιανισμού» (1533), στο οποίο ισχυρίζονταν ότι οι κυριότερες παρεκτροπές της εκκλησίας είναι η διδασκαλία για την Αγία Τριάδα της συνόσου της Νικαίας, η χριστολογία της Χαλκηδόνος και ο νηπιοβαπτισμός. Από το 1545 άρχισε αλληλογραφία με το Καλβίνο. Ο Καλβίνος κάποια στιγμή σταμάτησε να αλληλογραφεί μαζί του, φύλαξε όμως τα γράμματά του.
Ο φίλος τουΣερβέτου, προτεστάντης Τρι, αποκάλυψε την ταυτότητά του στις εκκλησιαστικές αρχές της Λυών, οι οποίες τον συνέλαβαν και τον καταδίκασαν σε θάνατο στην πυρά, επειδή όμως δραπέτευσε, έκαψαν το ομοίωμά του. Τον συνέλαβαν και πάλι το 1533 στην Γενεύη και τον έκαψαν τελικά ζωντανό. Αυτό το γεγονός στερέωσε τον Καλβίνο και τις απόψεις του στην Ελβετία και ειδικότερα στη Γενεύη.
Ο Καλβίνος ίδρυσε το 1559 την «Ακαδημία της Γενέυης» που έγινε κατόπιν πανεπιστήμιο. Ήταν αυτή η πιο σημαντική σχολή της Μεταρρυθμίσεως. Από κει επνεύστηκαν τα σημαντικότερα ιδεώδη του Προτεσταντισμού στη Γαλλία, στις Κάτω Χώρες, στη Σκωτία και στους πουριτανούς της Αγγλίας, ακόμη και στην Αμερική. Ήταν δηλαδή ένας, διεθνής μεταρρυθμιστής. Μεταξύ άλλων υποστήριζε ότι οι οπαδοί του πρέπει να αντιστέκονται στο άθεο κράτος και να επιβάλλουν την ομολογία τους με αγώνα. Γι’ αυτό οι ηγεμόνες φοβόταν τον καλβινισμό.
Οι καλβινιστές της Β. Αμερικής, ανέπτυξαν την οικονομία σε συνδυασμό με τις πουριτανικές αντιλήψεις τους και οδήγησαν στην ανάπτυξη του νεότερου καπιταλισμού, δικαιολογώντας τον πλουτισμό χωρίς όρια, στηριζόμενοι στη Παλαιά και Καινή Διαθήκη.
Ο Καλβίνος πέθανε το 1564 χωρίς ν’ αφήσει ικανό διάδοχο.