Ο διάδοχος του Μανουήλ, Ιωάννης Η΄ έβλεπε την καταστροφή που ερχόταν, και άρχισε νέες διαπραγματεύσεις για την ένωση των εκκλησιών με την ελπίδα ότι η Δύση θα προστατέψει το Βυζάντιο που κινδύνευε από τους Τούρκους.
Έτσι τον Οκτώβριο του 1437 αντιπροσωπεία των Βυζαντινών με αρχηγό τον ίδιο τον αυτοκράτορα Ιωάννη Η΄ Παλαιολόγο, τον αδελφό του Δημήτριο, συνοδεία αρχόντων και λογίων μεταξύ αυτών τον Γεώργιο Γεμιστό και τον Γεώργιο Σχολάριο, κληρικούς με επικεφαλή τον πατριάρχη Ιωσήφ και αντιπροσώπους άλλων πατριαρχών ξεκίνησαν για την Φερράρα όπου θα γινόταν σύνοδος με την παρουσία του πάπα Ευγένιου Δ΄ (1431-1447). Κοινή πεποίθηση όλων ήταν ότι στη σύνοδο αυτή θα επιτευθχθεί η ένωση διατηρώντας όμως την Ορθόδοξη πίστη.
Την 12 Φεβρουαρίου 1438 έφτασαν τα πλοία στη Βενετία και οι βυζαντινοί έγιναν δεκτοί με εξαιρετική λαμπρότητα. Από την Φερράρα έφτασαν επίσης οι αντιπρόσωποι του πάπα για να ειδοποιήσουν τους βυζαντινούς ότι οι εργασίες της συνόδου ήδη είχαν ξεκινήσει παρουσία του πάπα την 8η Φεβρουαρίου.
Μετά από είκοσι μέρες έφτασαν τελικά στην Φερράρα αφού πρώτα τακτοποιήθηκε το πρωτόκολλο έτσι ώστε ο πατριάρχης να μην φιλήσει το πόδι του πάπα. Όταν συναντήθηκαν πάπας και πατριάρχης ασπάστηκαν, αλλά είδαν ότι το κάθισμα του πάπα ήταν ψηλότερο.
Την 9η Απριλίου, Μ. Τετάρτη, έγινε η τελετή της ενάρξεως και διαβάστκε το διάταγμα για την σύγκληση της συνόδου στα λατινικά και στα ελληνικά. Ακολούθησαν προσευχές και δεήσεις.
Οι δυσκολίες όμως ήδη ξεκίνησαν από την επόμενη κι όλας μέρα, γιατί οι έλληνες ήθελαν ν’ αρχίσουν οι εργασίες της συνόδου, αφού καταφτάσουν και οι ηγεμόνες από την Δύση, από τους οποίους ζητούσαν βοήθεια. Έτσι αναγκάστηκαν να περιμένουν 4 ολόκληρους μήνες.
Στο μεταξύ έφτασαν ειδήσει ότι οι Τούρκοι ετοίμαζαν στρατό για να επιτεθούν στην Κωνσταντινούπολη, ο αυτοκράτορας προσπάθησε να στείλει στρατό αλλά δεν τα κατάφερε.
Και για τους Λατίνους η κατάσταση ήταν περίεργη, διότι ο ηγεμόνας του Μιλάνο Πιτσινίνο που είχε αναγκάσει τον πάπα να φύγει από τη Ρώμη, πλησίαζε με στρατό στην Φερράρα. Το ζήτημα όμως σύντομα τακτοποιήθηκε.
Η κατάσταση με όλα αυτά ήταν ήδη έκρυθμη. Οι Λατίνοι κατηγορούσαν τους Έλληνες για αιρετικούς και οι Έλληνες ζούσαν εκεί για καιρό σαν εγκλωβισμένοι. Ο αυτοκράτορας είχε δώσει διαταγή να μην βγαίνουν οι Έλληνες έξω από τα τείχη της πόλεως δίχως άδεια. Οι Έλληνες ήδη χωρίστηλαν σε δύο παρατάξεις, σε ενωτικούς και ανθενωτικούς. Στην πρώτη μερίδαν ανήκαν ο αυτοκράτορας και ο πατριάρχης Ιωσήφ, ο Λακεδαιμονίας Μεθόδιος, ο πρωτοσύγκελλος Γρηγόριος Μάμμας ή Μελισσηνός και ο Νικαίας Βησσαρίων. Ανθενωτικοί ήταν όλοι οι άλλοι με αρχηγό τον Εφέσου Μάρκο Ευγενικό.
Τελικά οι ηγεμόνες από την Δύση δεν παρουσιάστηκαν και οι εργασίες ξεκίνησαν την 8η Οκτωβρίου. Οι εργασίες θα γινόταν στο παρεκκλήσι του μεγάρου του πάπα με την δικαιολογία ότι ο πάπας υπέφερε από ποδάγρα.
ΤΙ ΣΥΖΗΤΗΘΗΚΕ
Α) Το filioque: Ο Μάρκος Ευγενικός υποστήριξε πως αυτό το πρόσθεσε η παπική εκκλησία χωρίς να έχει δικαίωμα και έφερε για παράδειγμα την Γ΄ Οικουμενική Σύνοδο που δέχτηκε τον όρο «Θεοτόκος» χωρίς όμως να τον προσθέσει στο σύμβολο. Οι Λατίνοι όμως ισχυρίστηκαν πως επιτρέπεται η προσθήκη στο σύμβολο, όταν αυτό γίνεται για λόγους επεξηγηματικούς, ενώ δεν επιτρέπεται νοθεία. Άλλωστε όπως είπαν και οι Γ΄και Δ΄ Οικουμενικές σύνοδοι έκαναν προσθήκες στους όρους, αλλά εδώ προήλθε σύγχυση διότι μπερδεύτηκαν ο όρος της συνόδου, με τον όρο του συμβόλου. Ο Λατίνος Τζεζαρίνι ισχυρίστηκε ότι η συζήτηση για την προσθήκε έκλεισε και ότι πρέπει να συζητήσουν για την ουσία του filioque. Οι Έλληνες δεν συμφώνησαν, αλλά συνέχισαν να μιλάνε χωρίς αποτέλεσμα.
Στο μεταξύ άρχισαν να κυκλοφορούν φήμες πως η σύνοδος θα μετατεθεί από την Φερράρα στην Φλωρεντία. Παρά τις διαφωνίες στις 12 Ιανουαρίου 1439 διαβάστηκε το παπικό διάταγμα για την μετάθεση.
Η πρώτη συνεδρίαση έγινε εκεί την 26η Φεβρουαρίου στην αίθουσα Σάντα Μαρία Νοβέλλα, όπου έμενε ο πάπας. Μίλησαν από μέρους των Ελλήνων ο αυτοκράτορας και από τους Λατίνους ο Ιουλιανός Τσεζαρίνι. Ακολούθησαν συζητήσεις ανάμεσα στον Μάρκο Ευγενικό και τον μοναχό Ιωάννη της Ραγούζας για την εκπόρευση του Αγίου Πνεύματος. Προκλήθηκε σάλος και από τις δύο πλευρές γιατί οι δύο μερίδες ισχυρίστηκαν ότι τα κείμενα που χρησιμοποιούσαν ήταν νοθευμένα. Βλέποντας το αδιέξοδο της κατάστασης ο αυτοκράτορας απαγόρευσε στον Μάρκο Ευγενικό να παραβρεθεί στην συνεδρίαση που θα μιλούσε ο Ιωάννης της Ραγούζας.
Κατόπιν ο Ιωάννης της Ραγούζας διακήρυξε ότι η Λατινική Εκκλησία «ου δοξάζει δύο αρχάς ουδέ δύο αιτίας» και ότι Δυτικοί και Ανατολικοί εμνέονται από το Άγιο Πνεύμα.
Ο Μάρκος Ευγενικός βλέποντας πως ο αυτοκράτορας ήθελε την ένωση για πολτικούς λόγος έλεγε: «ου συγχωρεί συγκατάβασις εις τα της πίστεως», απαντώντας σε όσους ισχυρίζονταν ότι κάνουν ένωση «κατ’ οικονομίαν».
Δύο ψηφοφορίες έγινα όπου και στις δύο υπερτέρησε η άποψη των ανθενωτικών. Τελικά αφού ο αυτοκράτορας εξασφάλισε την γραπτή βεβαίωση του πάπα για στρατιωτική βοήθεια και με δέλεαρ τα πλούσια γεύματα κατάφερε να λυγίσει όλους όσους παρέμεναν ανθενωτικοί εκτός από τον Μάρκο Ευγενικό.
Την 3η Ιουνίου στο κατάλυμα του άρρωστου πατριάρχη προσχώρησαν στην ένωση όπως είπαμε όλοι εκτός από τον Μάρκο Ευγενικό.
Ο όρος της ενώσεως έλεγε: «Πάντες ομολογούσιν ότι το Πνεύμα το Άγιον εκ του Πατρός και εκ του Υιού αιδίως, ως από μιας αρχής και μοναδικής προβολής εκπορεύεται». Το κείμενο αυτό το έγραψε ο Βησσαρίων.
Ο πάπας δέχτηκε με χαρά το κείμενο, το οποίο διάβασαν σε Δυτικούς και Ανατολικούς και εγκρίθηκε επίσημα την 8η Ιουλίου.
Τις ημέρες που συζητούνταν στην σύνοδο το ζήτημα για το πρωτείo του πάπα o πατριάρχης πέθανε από υδρωπικία χωρίς να προλάβει να πάρει θέση.
Την επομένη από την κηδεία του πατριάρχη ξεκίνησαν και πάλι οι διαπραγματεύσεις οι οποίας θα ναυαγούσαν αν δεν παρενέβαινε ο πατριάρχης. Τελικά οι Ανατολικοί μπορεί να υποχώρησαν στο ζήτημα για το πότε ακριβώς γίνεται ο καθαγιασμός των Τιμίων Δώρων (οι Δυτικοί υποστήριζαν ότι αυτός γίνεται κατά τα λόγια του ιερέως «τούτο εστί το σώμα μου» ενώ οι Ανατολικοί με την ευχή της επικλήσεως «και πόιησον τον μεν άρτον…») , δεν συμφώνησαν ούτε στον χρόνο που αρχίζει η τιμωρία των αμαρτωλών (οι Δυτικοί πίστευαν ότι αυτή αρχίζει αμέσως μετά τον θάνατο, ενώ οι Ανατολικοί μετά την τελική κρίση), αλλά όπως είπαμε υποχώρησαν ριζικά στο θέμα του πρωτείου του πάπα. Η συμφωνία διατυπώθηκε με τον ακόλουθο τρόπο: «Έτι ορίζομεν την αγίαν αποστολικήν καθέδραν και τον Ρωμαϊκόν αρχιερέα εις πάσαν την οικουμενικήν τα πρωτεία κατέχειν, αυτόν τε τον Ρωμαϊκόν αρχιερέα εις πάσαν την οικουμενικήν τα πρωτεία κατέχειν, αυτόν τε τον Ρωμαϊκόν αρχιερέα διάδοχον είναι του μακαρίου Πέτρου και κορυφαίου των Αποστόλων και αληθή τοποτηρητήν του Χριστού και πάσης της Εκκλησίας κεφαλήν και πάντων των μακαρίω Πέτρω του ποιμαίναιν και διιθύνειν και κυβερνάν την καθολικήν Εκκλησίαν υπό του Κυρίου ημών Ιησού Χριστού, πλήρη εξουσίαν παραδεδόσθαι∙ ξαθ’ ον τρόπον και εν τοις πρακτικοίς των οικουμενικών συνόδων και εν τοις πρακτικοίς των οικουμενικών συνόδων και εν τοις ιεροίς κανόσιν παραδεδομένην τάξιν των λοιπών σεβασμίων πατριαρχών, ώστε τον Κωνσταντινουπόλεως πατριάρχην δεύτερον είναι μετά τον αγιώτατον πάπαν Ρώμης, τρίτον δε τον της Αλεξανδρείας, τέταρτον δε τον της Αντιοχείας, πέμπτον δε τον των Ιεροσολύμων∙ σωζομένων δηλαδή και των προνομίων απάντων και δικαίων αυτών».
Σημαντική φράση είναι το «καθ’ ον τρόπον και εν τοις πρακτικοίς των οικουμενικών συνόδων και εν τοις ιεροίς κανόσιν διαλαμβάνεται» φαινόταν να ομολογεί ότι οι σύνοδοι και οι κανόνες αναγνώριζαν την τέτοιας λογής κυριαρχία του πάπα. Είναι όμως αναμφισβήτητο ότι οι κανόνες και οι σύνοδοι ποτέ δεν αναγνώρισαν την κυριαρχία αυτή, το ζήτημα έμεινε πάντα εξαρτημένο απ' την ερμηνεία των πρακτικών των συνόδων και των κανόνων, τουλάχιστο των πρακτικών των εφτά οικουμενικών συνόδων και κανόνων που ίσχυαν στην Ανατολή, ερμηνεία που γίνονταν αβίαστα και δεν ήταν δυνατό να έρθει ποτέ σε υποστήριξη των υπερβολικών αξιώσεων του αρχιερέα της Ρώμης.
Παρακάμφθηκε επίσης και ο 28ος κανόνας της Δ΄ Οικουμενικής Συνόδου ο οποίος έδιδε ίσα πρεσβεία τιμής των πάπα Ρώμης και του θρόνου της Κωνσταντινουπόλεως.
Τελικά ο ενωτικός όρος διατυπώθηκε ως παπική βούλα ή παπικό διάταγμα. Την Κυριακή 5 Ιουλίου υπογράφηκε με μεγάλη επισημότητα η συμφωνία μπροστά στον πάπα από 133 Λατίνους και 28 Έλληνες. Δεν υπόγραψαν όσοι είχαν φύγει και ο Μάρκος Ευγενικός. Όταν αυτό το έμαθε ο πάπας είπε «λοιπόν εποιήσαμεν ουδέν».
Στις 6 Ιουλίου έγινε μεγαλοπρεπής τελετή στον καθεδρικό ναό της Αγίας Μαρίας Ανθέων. Στη δοξολογία ιερούργησε ο ίδιος ο πάπας και διάβασαν τον ενωτικό όρο στα ελληνικά και στα λατινικά, ενώ επικρατούσε νεκρική σιγή. Όσοι Έλληνες παραβράθηκαν στην τελετή πέρασαν μπροστά από τον πάπα με επικεφαλής τον αυτοκράτορα και έκλιναν το γόνατο και κατόπιν οι Λατίνοι. Σήμερα στον ναό αυτό της Φλωρεντίας υπάρχει μεγάλη μαρμάρινη πλάκα όπου αναφέρεται ότι εκεί έγινε η ένωση των Εκκλησιών. Οι Έλληνες δεν δέχτηκαν να συλλειτουργήσουν με τους Λατίνους για να μη γίνου αζυμίτες. Ο αυτοκράτορας εν τέλει αναχώρησε από τη Βενετία, ο πάπας του έστειλε έγγραφο στο οποίο υποσχόταν να του δώσει βοήθεια στρατιωτική και οικονομική. Όμως στα επόμενα τρία χρόνια που ακολούθησαν δεν υπήρξε καμία βοήθεια.