1409 μ.Χ Η σύνοδος της Πίζας
Όταν ωρίμασε ο καιρός για τη λύση του παπικού σχίσματος προτάθηκε η παραίτηση των δύο παπών και η σύγκληση οικουμενικής συνόδου για να τακτοποιηθεί το ζήτημα.
Οι καρδινάλιοι των δύο παπών συναντήθηκαν στο Λέγκχορν το 1408 και κάλεσαν στην Πίζα σύνοδο, η οποία άρχισε τις εργασίες της τον Μάρτιο του 1409. Κανένας από τους δύο πάπες δεν παραβρέθηκε. Η σύνοδος κήρυξε έκπτωτους τους δύο πάπες Γρηγόριο ΙΒ΄ και Βενέδικτο ΙΓ΄ με την κατηγορία ότι είναι εχθροί την εκκλησιαστικής ενότητας, αιρετικοί και επίορκοι.. Οι καρδινάλιοι εξέλεξαν νέο πάπα τον αρχιεπίσκοπο Μιλάνου Πέτρο Φίλαργο, ο οποίος ήταν 70 ετών και πήρε το όνομα Αλέξανδρος Ε΄. ο πάπας αυτός ήταν Έλληνας από την Κρήτη, από μικρό παιδί τον προστάτευσε ένας Φραγκισκανός μοναχός. Σπόυδασε σε πανεπιστήμια της Δύσεως. Τον προτίμησαν γιατί ήταν Έλληνας και δεν ανήκε σε κανένα από τα μεγάλα έθνη της Δύσεως.
Μετά την σύνοδο η κατάσταση ήταν χειρότερη απ’ ότι ήταν πριν γιατί τώραυπήρχαν τρεις πάπες. Ύστερα από τριες μήνες ο Αλέξανδρος πέθανε και το 1410 εξελέγη νέος πάπας ο καρδινάλιος Βαλτάσσαρ Κόσσα με το όνομα Ιωάννης ΚΓ΄, αυτός κατόρθωσε να εγκατασταθεί στην Ρώμη διώχνοντας τον Γρηγόριο ΙΒ΄.
1414-1418 μ.Χ Η σύνοδος της Κωνσταντίας
Ο Λαδίσλαος βασιλιάς της Νεαπόλεως μπήκε στη Ρώμη και έδιωξε τον πάπα, ο οποίος ζήτησε την βοήθεια του βασιλιά Σιγισμούνδου, αλλά αυτός πριν τον βοηθήσει τον ανάγκασε να συμφωνήσει να συγκληθεί σύνοδος στη Γερμανική πόλη Κωνσταντία.
Στη σύνοδο αυτή έλαβαν μέρος 200 επίσκοποι, καρδινάλιοι, διδάκτορς θεολογίας και νομικής και ο αυτοκράτορας Σιγισμούνδος. Η σύνοδος διήρκησε 3,5 χρόνια. Για πρώτη φορά για να μην υπάρξει κανενός πλειοψηφία η ψηφοφορία έγινε κατά έθνη: Γάλλοι-Άγγλοι-Γερμανοί και Ιταλοί είχαν από μία ψήφο και μία οι καρδινάλιοι ως σύνολο.
Όταν ο πάπας είδε ότι θα έχανε, φοβήθηκε ότι θα τον αναγκάσουν να παραιτηθεί κι έτσι μεταμφιέστηκε και δραπέτευσε σ’ έναν ιπποτικό αγώνα.
Την 29η Μαΐου η σύνοδος καθαίρεσε τον Ιωάννη ΚΓ΄,ο δε Γρηγόριος ΚΓ΄ παραιτήθηκε τον Ιούλιο και το 1417 καθαιρέθηκε και ο Βενέδικτος ΙΓ΄.
Τον Νοέμβριο του 1417 οι 26 καρδινάλιοι με 6 αντιπροσώπους από κάθε έθνος εξέλεξαν πάπα τον υποδιάκονο καρδινάλιο Όθωνα Κολόννα, από την γνωστή μεγάλη Ρωμαϊκή οικογένεια, ο οποίος πήρε το όνομα Μαρτίνος Ε΄. Έτσι λύθηκε το παπικό σχίσμα το οποίο διήρκησε 40 χρόνια.
Η σύνοδος της Κωνσταντίας δεν έλυσε μόνο το παπικό σχίσμα αλλά λειτούργησε μεταρυθμιστικά για τον παπισμό. Μετέτρψε τον παπισμό από απόλυτη μοναρχία σε συνταγματική. Ο πάπας εξακολούθησε να είναι αξιωματούχος της Εκκλησίας, όμως πλέον υπάγονταν σε νομοθετικό σώμα που συνεδρίαζε σε κανονικά χρονικά διατήματα και θα αντιπροσώπευε τα δικαιώματα των χριστιανών. Ολόκληρος ο κόσμος λοιπόν και ο πάπας όφειλαν να υπακούουν στην σύνοδο η οποία πλέον είχε το δικαίωμα όχι μόνο να ελέγξει τον πάπα, αλλά ακόμη και να τον τιμωρήσει.
1431-1449 μ.Χ Η σύνοδος της Βασιλείας
Τον Ιούλιο του 1431 άρχισε τις εργασίες της η σύνοδος της Βασιλείας. Ο πάπας Ευγένιος Δ΄ διέταξε να διαλυθεί η σύνοδος και να επανασυνεδριάσει στην Μπολόνια με την δικαιολογία ότι έπρεπε να παρουσιαστούν οι Χουσίτες για να υποστηρίξουν τις απόψεις τους. Η συνοδικοί όμως απάντησαν στον πάπα πως η σύνοδος είναι ανώτερη από τον πάπα και ότι μόνο η ίδια έχει την εξουσία να διαλύσει τον εαυτό της. Τελικά ο πάπας αναγκάστηκε να εγκαταλείψει και να αναγνωρίσει την σύνοδο της Βασιλείας γιατί ο στρατός του Μιλάνου κυρίευσε την Ρώμη.
Η σύνοδος της Βασιλείας όρισε να συγκαλείται οικουμενική σύνοδος κάθε δέκα χρόνια και καθόρισε διοικητικές μεταρρυθμίσεις που η σύνοδος της Κωνσταντίας δεν μπορούσε να πραγματοποιήσει. Μεταξύ αυτών όρισε να γίνουν περικοπές στις ετήσιες χορηγίες που έδιναν οι κληρικοί στον πάπα, κάτι που δυσαρέστησε έντονα τον Ευγένιο, ο οποίος διαμήνυσε πως η Αγία Έδρα δεν μπορεί να λειτουργήσει χωρίς εισοδήματα και ότι ο πάπας είναι ανώτερος από την σύνοδο.
Στο μεταξύ , το 1437 ξεκίνησαν και πάλι συζητήσεις με την Ανατολική εκκλησία για ένωση στην Φερράρα και ο πάπας διέταξε να διαλυθεί η σύνοδος της Βασιλείας. Οι συνοδικοί δεν υπάκουσαν και καθαόρεσαν τον πάπα, εξελέγοντας ως διάδοχό του τον δούκα Αμεδαίο με το όνομα Φήλιξ Ε΄.
Όταν πέθανε ο Ευγένιος τον διαδέχτηκε στη Ρώμη ο Νικόλαος Ε΄ (1447-1455) και ο Φήλιξ παραιτήθηκε το 1449. Η σύνοδος της Βασιλείας αναγνώρισε τον πάπα Νικόλαο και κατόπιν διαλύθηκε.
Η σύνοδος της Κωνσταντίας και της Βασιλείας αριθμούνται ως 16η και 17η οικουμενική και όσες συνεδριάσεις τους είχαν ως πρόεδρο τον πάπα αναγνωρίστηκαν και επικυρώθηκαν.