Όταν πέθανε ο Θεόδωρος Α΄ Λάσκαρις, τον διαδέχτηκε ο γαμπρός του Ιωάννης Γ΄ Βατάτζης, ο οποίος, ο οποίος μετά τον θάνατο της θυγατέρας του Λάσκαρι, νυμφεύθηκε την θυγατέρα του αυτοκράτορα της Γερμανίας Φρειδερίκου Β΄, αυτή ονομάζονταν Κωνσταντία και όταν έγινε ορθόδοξη ονομάστηκε Άννα. Αυτή την εποχή οι πάπες είχαν εμπλακεί σε θανάσιμο αγώνα με τον Φρειδερίκο Β΄ και γι’ αυτό ζητώντας συμμάχους ήρθαν και στον Ιωάννη Βατάτζη.
Το 1232 έφτασαν στην Νίκαια πέντε Φραγκισκανοί μοναχοί που γύριζαν από την αιχμαλωσία στους Τούρκους και συζήτησαν με τον πατριάρχη Γερμανό Β΄ το ζήτημα της ενώσεως. Ο αυτοκράτορας και ο πατριάρχης τους περιποιήθηκαν και ο δεύτερος έδωσε επιστολή για τον πάπα Γρηγόριο Θ΄ με την οποία γνωστοποιούσε την επιθυμία του για ένωση των εκκλησιών.
Το 1234 στο Νυμφαίο, μία πόλη δίπλα στη Νίκαια και 17 χιλιόμετρα ανατολικά της Σμύρνης πραγματοποιήθηκαν συζητήσεις, στις οποία για πρώτη φορά θεολόγοι από την Ανατολή καταπολέμησαν τη διδασκαλία για το καθαρτήριο πυρ που είχε γίνει δεκτό στη Δύση. Στη σύνοδο αυτή μεγάλο ρόλο έπαιξε ο Νικηφόρος Βλεμμύδης. Ο Νικηφόρος για το θέμα της εκπορεύσεως του Αγίου Πνεύματος πρότεινε μια συμβιβαστική λύση, ότι το Άγιο Πνεύμα εκπορεύεται εκ του Πατρός δι’ Υιού.
Αυτή την φράση μπορεί κάποιος να την αντιληφθεί με τρεις τρόπους:
Οι συζητήσεις αυτές απέτυχαν γιατί η Ρωμαϊκή εκκλησία δεν θέλησε να απομακρυνθεί ούτε στο ελάχιστο από τις αντιλήψεις της.
Ο Ιωάννης Βατάντζης στο θέμα για το ζήτημα της ένωσης των εκκλησιών έθεσε ως όρο να επιστραφεί στο Βυζάντιο η Κωνσταντινούπολη και να αποχωρήσει από κει ο Λατίνος πατριάρχης με το επιτελείο του. Σε περίπτως ένωσης δέχονταν το πρωτείο του πάπα. Το μηνμόσυνό του στις ιεροτελεστίες και το έκκλητο δηλ. εφέσεις των δικαστικών αποφάσεων στο πάπα. Το «εκ του Υιού» δεν το δεχόταν ούτε ως προσθήκη στο Σύμβολο, ούτε ως ορθή διδασκαλία. Τόνιζε επίσης ότι σε περίπτωη ένωσης η κρίση του πάπα θα περνούσε πάντοτε μέσα από το φίλτρο των επτά οικουμενικών συνόδων.
Η προσπάθεια πάντως αυτή για την ένωση απέτυχε.
Ο Ιννοκέντιος Δ΄ έβλεπε πως η ένωση η οποία είχε επιβληθεί με τη βία δεν είχε καμιά αξία και γι’ αυτό θέλησε να κάνει απευθείας συννενόηση με ττους έλληνες. Πριν από την τελική συμφωνία ζήτησε δύο παραχωρήσεις. Δηλαδή όταν οι έλληνες καταλάβουν την Κωνσταντινούπολη , να μείνει εκεί ο Λατίνος πατριάρχης ως μόνιμος τοποτηρητής και παρατηρητής. Η άλλη παραχώρηση ήταν να δεχτούν την διδασκαλία του filioque χωρίς όμως να το προσθέσουν στο Σύμβολο της Πίστεως.
Το 1254 πέθανε ο Ιωάννης Βατάντζης και ο πάπας Ιννοκέντιος Δ΄ κι έτσι οι συμφωνίες δεν πραγματοποιήθηκαν.