Eκτός από τα λατινικά κρατίδια ιδρύθηκαν και τρία ελληνικά. Η αυτοκρατορία της Νικαίας , με αυτοκράτορα τον Θεόδωρο Λάσκαρι, η αυτοκρατορία της Τραπουζούντας με τον Αλέξιο Στ΄ Κομνηνό και το Δεσποτάτο της Ηπείρου με τον Μιχαήλ Άγγελο Κομνηνό. Καθένα από τα τρία κράτη σκόπευε να διώξει τους κατακτητές. Το 1262 δημιουργήθηκε το Δεποτάτο του Μόρεως το οποίο μαζί με το Δεποτάτο της Ηπείρου έπαιξε σημαντικό ρόλο για την ενίσχυση του ελληνισμού.
Ο πάπας Ιννοκέντιος Γ΄παρά το γεγονός ότι καταδίκασε την άλωση της Κωνσταντινουπόλεως, τη θεώρησε ως τετελεσμένο γεγονός και το είδε τελικά ως έργο της Θείας πρόνοιας για να αποκατασταθεί η η αυθεντία του στα εκκλησιασιτκά θέματα και στην Ανατολή.
Ο Πατριάρχης Ιωάννης Καματηρός μετά την άλωση αυτοεξορίστηκε και δεν ξαναγύρισε στην Κωνσταντινούπολη. Νέος πατριάρχης πλέον εκλέχτηκε στην Νίκαια.
Ο Ιννοκέντιος Γ΄ κάλεσε σύνοδο την ιβ΄ οικουμενική ή Δ΄ σύνοδο του Λατερανού στην οποία έλαβαν μέρος αντιπρόσωποι των λατινικών πατριαρχείων της Ανατολής. Ο ρόνος της Κωνσταντινουπόλεως ήταν κενός και ο πάπας χειροτόνησε πατριάρχη τον ιερέας Γερβάσιο από την Τοσκάνη. Ο πατριάρχης Ιεροσολύμων ήρθε ο ίδιος, ο Αντιοχείας ήταν άρρωστος κι έστειλε αντιπρόσωπο. Η σύνοδος ανακήρυξε τον πάπα κεφαλή όλων των πατριαρχείων της Ανατολής και έτσι τα πατριαρχεία τα υπήγαγε στην Αγία Έδρα.
Μάλιστα ο πάπας δεν αναγνώριζε τον Λάσκαρι ως αυτοκράτορα αλλά τον προσφωνούσε ως ευγενή. Πίστευε ακράδαντα πως οι Ανατολικοί επειδή δεν υποτάχτηκαν με την θέλησή τους στην Αγία Έδρα, καλά θα κάνους πλέον να γίνουν καλοί υπήκοι αυτής αφού έτσι πρόσταξε η Θεία πρόνοια.