1941-1966 Η Γερμανική κατοχή και ο Αρχιεπίσκοπος Αθηνών Δαμασκηνός Παπανδρέου.
Την περίοδο αυτή η Γερμανική κατοχή έφτασε στην πατρίδα μας. Ο αρχιεπίσκοπος Χρύσανθος ορθά αρνήθηκε να ορκίσει την πρώτη κατοχική κυβέρνηση του στρατηγού Τσολάκογλου. Βρέθηκε όμως ο ιερέας του αγίου Γεωργίου Καρύτση Ν. Παπαδόπουλος ό οποίος όρκισε την κατοχική κυβέρνηση την 27 Απριλίου 1941.
Όταν λίγες μέρες αργότερα έφτασε στην Αθήνα ο ανώτατος διοικητής των γερμανικών δυνάμεων στρατάρχης Φον Λιστ ο Χρύσανθος τον δέχτηκε ορθός και δεν του είπε να καθίσει. Έτσι ο Φον Λιστ παρέμεινε και αυτός ορθός. Ο αρχιεπίσκοπος δεν του έδωσε όυτε το χέρι του και μίλησε με τρόπο αγέρωχο και αυστηρό κοιτώντας τον τοίχο. Του είπε ότι το γερμανικό έθνος από φιλικό μετατράπηκε σε ωμό κατακτητή και ότι η επόμενη γεννιά των Γερμανών θα αισθάνεται ντροπή γι’ αυτούς. Ο Φον Λιστ συγκράτησε τον θυμό του και αφού ψιθύρισε κάτι αποχώρησε αφού υποκλίθηκε στον ιεράρχη.
Η κατοχική κυβέρνηση αντικατέστησε στη συνέχεια τον Χρύσανθο με τον Δαμασκηνό που ήταν φυλακισμένος.
Ο Δαμασκηνός επανέφερε ορθά ως ανώτατη εκκλησιαστική αρχή τη Σύνοδο της Ιεραρχίας και τη Διαρκή Ιερά Σύνοδο. Η σύνοδος της Ιεραρχίας συνέρχονταν κάθε 1η Οκρωβρίου κάθε τρίτο χρόνο, ενώ η διαρκή σύνοδος κάθε χρόνο την 1η Οκτωβρίου απαρτιζόμενη από 13 μέλη. Η εκλογή αρχιεπισκόπου ήταν έργο της Συνόδου της Ιεραρχίας και η εκλογή επισκόπων της Διαρκούς ιεράς συνόδου. Η κατάσταση αυτή διήρκησε ως το 1959.
Από το 1959 ως το 1966 με σειρά διαταγμάτων τα πράγματα άλλαξαν. Η σύνοδος της Ιεραρχίας συνέρχεται πλέον μία φορά το χρόνο αντί για κάθε τρλιτο και δεν έκλέγει μόνο τον αρχιεπίσκοπο, αλλά όλους τους αρχιερείς. Η διαρκής ιεράς σύνοδος από 13μελής μεταβάλλεται σε 9μελής.