Κατά την διάρκεια της θητείας του, ο αρχιεπίσκοπος Χρυσόστομος Παπαδόπουλος επέβαλε στην πολιτεία να δεχτεί την αρχή της συνταγματικής ισχύος των ιερών κανόνων για την διοίκηση της Εκκλησίας. Η πολιτεία έκτοτε δεν μπορεί να παύσει αρχιερέα δια νόμου.
Στις 24 Δεκεμβρίου 1923 η Ιερά Σύνοδος της Εκκλησίας της Ελλάδος υπό την προεδρία του αρχιεπισκόπου Χρυσόστομου Παπαδόπουλου ανήγγειλε την αυτοδιοίκηση της Εκκλησίας της Ελλάδος , γεγονός που χαιρέτησε ο Οικουμενικός Πατριάρχης και οι λοιποί πατριάρχες σε όλο τον κόσμο. Η ολιγομελής Διαρκής Σύνοδος ως ανώτατη εκκλησιαστική αρχή καταργήθηκε και εκπονήθηκε νέος καταστατικός χάρτης διοικήσεως της Εκκλησίας της Ελλάδος. Συγχρόνως αποδυναμώθηκε ο ρόλος της παρουσίας του βασιλικού επιτρόπου κατά τις συνεδριάσεις των συνόδων της ιεραρχίας. Με τον νέο καταστατικό χάρτη ο αρχιεπίσκοπος Αθηνών καλούνταν πλέον «Αθηνών και πάσης Ελλάδος»
Το πλεονέκτημα των νέων αυτών συνθηκών για την εκκλησία ήταν ασφαλώς ότι η εκκλησία για πρώτη φορά γινόταν ελεύθερη και αυτοδιοίκητη σε ελεύθερο κράτος. Υπήρχε όμως και ένα σοβαρό μειονέκτημα. Η Σύνοδος όλων των αρχιερέων πραγματοποιούνταν μία μόνο φορά το χρόνο, με αποτέλεσμα όλο τον υπόλοιπο καιρό (επί 11 μήνες) ο μοναδικός αντιπρόσωπος της εκκλησίας να ήταν ο αρχιεπίσκοπος Αθηνών. Έτσι το 1925 στη δικτατορία του ο Πάγκαλος εκμεταλλεύτηκε τις καταστάσεις και με νομοθετικό διάταγμα επανέφερε σε ισχύ την επταμελής Διαρκής σύνοδο ως ανωτάτη αρχή. Η ολιγομελής αυτή σύνοδος μπορούσε να εκλέγει νέο αρχιεπίσκοπο και νέους μητροπολίτες.
Ευτυχώς η κατάσταση αυτή δεν διήρκησε πολύ, διότι με καταστατικό νόμο του 1932 επανήλθε η Ιερά Σύνοδος της Εκκλησίας της Ελλάδος ως ανώτατη εκκλησιαστική αρχή η οποία όμως θα συνέρχοντο πλέον κάθε τρία χρόνια για εκλογή αρχιεπισκόπου και αρχιερέων.
Ο Χρυσόστομος Παπαδόπουλος τακτοποίησε και το ζήτημα του εκκλησιαστικού καθεστώτος των νεοαπελευθερωμένων περιοχών της Ελλάδας οι οποίες ονομάστηκαν «νέες χώρες» και εκκλησιαστικώς πλην της Κρήτης εξακολουθούν να είναι υπό την κανονική δικαιοδοσία του Οικουμενικού πατριαρχείου, επειδή όμως ανήκουν σε ξένη πολιτειακή επικράτεια ανατίθενται διοικητικά στην Αυτοκέφαλη εκκλησία της Ελλάδος.