Ο νόμος ΣΑ΄ του 1852 όρισε ως μόνιμο πρόεδρο της Ιεράς Συνόδου τον Αρχιεπίσκοπο Αθηνών, ενώ η σύνοδος ονομάστηκε «Ιερά Σύνοδος της Εκκλησίας της Ελλάδος» και συγκροτείτο μόνο αρχιερείς. Παρέμεινε όμως ο θεσμός του βασιλικού επιτρόπου ώστε δίχως αυτόν δεν μπορούσε να συγκληθεί σύνοδος.
Το 1866 συντελέσθηκε η ένωση της εκκλησίας της Επτανήσου με την Αυτοκέφαλη Εκκλησίας της Ελλάδος. Έτσι ο Οικουμενικός Πατριάρχης Σωφρόνιος, εξέδωκε τόμο σύμφωνα με τον οποίο η μητρόπολη Κέρκυρας, η επισκοπή Παξών, η μητρόπολη Κεφαλληνίας, οι επισκοπές Ιθάκης και Λευκάδος και η αρχιεπισκοπή Κυθήρων ενσωματώθηκαν με την Εκκλησία της Ελλάδος. Αντίθετος με την ένωση στάθηκε ο μητροπολίτης Κεφαλληνίας Σπυρίδων Κοντομίχαλος και ο πολιτικός Τυπάλδος Ιακωβάτος. Και οι δύο υποστήριζαν ότι η εκκλησιαστική αφομοίωση ήταν αντίθετη με τα συμφέροντα του έθνους και της ιστορικής αποστολής του Οικουμενικού πατριαρχείου.
Το 1882, ενώθηκαν με την Αυτοκέφαλη Εκκλησία της Ελλάδος οι επαρχίες της Θεσσαλίας, πλην της Ελασσόνος, η επισκοπή Πλαταμώνος και η μητρόπολη Άρτης.
Την περίοδο αυτή με πρωτοβουλία της βασίλισσας Όλγας αποφασίστηκε η μετάφραση του Ευαγγελίου που την προλόγισε η ίδια. Από το γεγονός αυτό προκλήθηκαν βίαιες ταραχές, τα γνωστά έκτοτε ευαγγελικά που οδήγησαν στην παραίτηση του μητροπολίτη Αθηνών Προκοπίου και της κυβερνήσεως του Θεοτόκη το 1901.
Το 1837 ιδρύθηκε η θεολογική σχολή του πανεπιστημίου Αθηνών, ενώ το 1844 η Ριζάρειος εκκλησιαστική σχολή και οι τέσσερις ιερατικές σχολές της Χαλκίδας, της Τριπόλεως, της Σύρου και της Κέρκυρας.
Το 1910 εκδόθηκε νόμος περί των ενοριακών ναών και της περιουσίας αυτών. Αλλά τα γεγονότα που ακολούθησαν από τους Βαλκανικούς πολέμους και του πρώτου παγκοσμίου πολέμου, ανέστειλαν την εφαρμογή του.