Στις 5 Μαίου 1789 ο Λουδοβίκος ΙΣΤ΄ κάλεσε την συνέλευση των τάξεων η οποία μετατράπηκε σε εθνική στις Βερσαλλίες. Η συνέλευση είχε μεταρρυθμιτικό σκοπό και αποφάσισε την κατάργηση των φορολογικών απαλλαγών, της δουλείας, την κατάργηση των αριστικρατικών τίτλων και τη δεκάτη για την εκκλησία. Οι Γάλλοι μετέφεραν τον πόλεμο έξω από σύνορά τους. Τα Γαλλικά στρατεύματα προχώρησα προς τα Νότια της Λομβαρδίας και κυρίευσαν τη Ρώμη (1798). Ο πάπας Πίος Στ΄ διώστηκε από τον θρό και πέθανε στην εξορία.
Ο νέος πάπας, Πίος Ζ΄, κατάφερε να εγκαταστεθεί στη Ρώμη ύστερα από την ήττα των Γάλλων από τους Αυστριακούς, όμως ο Ναπολέων μετά τη μάχη του Μαρέγκο έγινε πάλι κύριος της Ιταλίας.
Ο Ναπολέων ήταν αδιάφορος για τα θρησκευτικά ζητήματα και επιθυμούσε συμφιλίωση με τον παπισμό.. Έτσι το 1801 η Γαλλκή εκκλησία νομιμοποιήθηκε και πάλι, χωρίς όμως τα προνόμια που είχε πριν. Αυτό ίσχυσε μέχρι το 1905.
Το 1804 ο Ναπολέων εκλέχτηκε αυτοκράτορας των Γάλλων και κάλεσε τον πάπα να τον στέψει. Ο πάπας πήγε, όμως ο Ναπολέων πήρε το στέμμα από τα χέρια του και το φόρεσε μόνος του στο κεφάλι του, ενώ ο πάπας τον έχρισε.
Τα στρατέυματα του Ναπολέωντος κυρίευσαν και πάλι τη Ρώμη το 1808 και ενσωμάτωσε τα παπικά εδάφη στα αυτοκρατορικά. Ο πάπας απάντησε με βούλλα αφορισμού. Ο Ναπολέων τον συνέλαβε το 1809 και τον έκλεισε στο φρούριο Σαβόννα. Κατόπιν επιχείρησε μοιραία εκστρατεί στη Ρωσία γυρνώντας κατεστραμμένος πίσω στην Γαλλία. Το 1813 υπέστη νέα ήττα στη Λειψία. Το 1814 παραιτήθηκε από τη θέση του και ο πάπας γύρισε θριαμβευτής στη Ρώμη.
Στις 5 Μαίου 1815 ο Ναπολέως οριστικά καταστράφησε στη μάχη του Βατερλώ και ο πάπας αισθάνθηκε ελεύθερος. Κέρδισε πίσω τα παπικά εδάφη. Απόκτσε και πάλι κύρος και το 1814 επέτρεψε πάλι τη λειτουργία του τάγματος των Ιησουιτών.
Ο Ναπολέων μεταφέρθηκε από τους Άγγλους στο απομονωμένο νησί της Αγίας Ελένης όπου πέθανε στις 5 Μαίου 1821.